如何在windows和mac上安裝ENMTools

windows安裝ENMTools

  • 安裝好R 3.5 (64位) 和Rstudio (建議把32位的R同時勾上,一起裝上,方便后面切換)

  • 安裝JDK(最好不要用JRE),安裝和R版本相同的java(即64位的R,就安裝64位的jdk,最好32和64位同時安裝,下載地址

  • 設(shè)置java的環(huán)境變量,參考這個帖子

    • 添加 jvm.dll to your PATH (參考這個這個)
      • 打開windows環(huán)境變量:系統(tǒng)屬性-高級系統(tǒng)設(shè)置-環(huán)境變量-Path-編輯(參考這個)
      • 去掉所有和java相關(guān)的變量(用戶變量和系統(tǒng)變量都刪除)
      • 添加到用戶變量的PATH:%JAVA_HOME%\jre\bin\server;
    • 驗(yàn)證:
      • 在windows的CMD里面輸入java,顯示“'java' 不是內(nèi)部或外部命令,也不是可運(yùn)行的程序 或批處理文件?!?/code>
  • 下載ecospat

  • 安裝代碼:

install.packages("rJava") # reinstall if you switch from x64 to x32 R version
library(rJava)
install.packages("devtools") 
library(devtools) 
# install the x64 and x32 version of JDK first, rather than JRE
Sys.setenv(JAVA_HOME="")
Sys.setenv(JAVA_HOME="C:\\Program Files\\Java\\jdk1.8.0_171\\")
# Sys.setenv(JAVA_HOME="C:\\Program Files (x86)\\Java\\jdk1.8.0_171\\") # for 32-bit R version, if the 64-bit is not working


install_github("danlwarren/ENMTools") # 如果出錯“Error : object 'descendants' is not exported by 'namespace:phyloclim'”,用develop brach,即:
install_github("danlwarren/ENMTools",ref="develop") 
#提示錯誤,缺少ecospat包
install.packages(c('ade4', 'adehabitatHR', 'adehabitatMA', 
                   'biomod2', 'ecodist', 'maptools', 'rms', 'MigClim', 'gtools', 
                   'PresenceAbsence', 'classInt')) 
install.packages("C:/Users/18213/Downloads/ecospat_2.2.0.tar.gz", 
                 repos = NULL, type = "source")  # 安裝下載的ecospat包, 路徑換成你自己的
install_github("danlwarren/ENMTools",ref="develop") 
  • 提示:如果下載ENMTools或者install.packages出錯/沒反應(yīng),可能需要翻墻

mac安裝ENMTools

  • 安裝好R 3.4(不要升級到3.5)
  • 安裝代碼:
install.packages("devtools") 
library(devtools) 
install_github("danlwarren/ENMTools") 
library(ENMTools)
  • 如果因?yàn)閖ava出錯,更新java后設(shè)置好路徑(參考這個帖子)
sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib
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