conda簡(jiǎn)介
Conda 是一個(gè)開(kāi)源的軟件包管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng)，用于安裝多個(gè)版本的軟件包及其依賴關(guān)系，并在它們之間輕松切換。 Conda 是為 Python 程序創(chuàng)建的，適用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分發(fā)其他軟件。
安裝conda
conda分為anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本（這里的常用不代表你常用），miniconda則是精簡(jiǎn)版，需要啥裝啥，所以推薦使用miniconda。
下載網(wǎng)址
conda官網(wǎng)：https://conda.io/miniconda.html
選擇適合自己的版本，用wget命令下載。
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安裝命令：
chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #給執(zhí)行權(quán)限
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #運(yùn)行
一路yes，安裝成功
激活conda
找到你剛才安裝的miniconda，如果沒(méi)有更改過(guò)安裝位置的話應(yīng)該是在/home下面，cd到miniconda3的bin目錄下面，能看到有一個(gè)activate
給activate添加一下權(quán)限才能使用
#添加權(quán)限
chmod 777 activate
接下來(lái)啟動(dòng)conda
. ./active
#這兩個(gè)點(diǎn)不是連在一起的
需要注意一下的是/active前面的兩個(gè)點(diǎn)之間不是連著一起的.
需要分開(kāi)，其實(shí)這條命令也相當(dāng)于source ./active
當(dāng)命令行前面出現(xiàn)(base)的時(shí)候說(shuō)明現(xiàn)在已經(jīng)在conda的環(huán)境中了。這時(shí)候輸入conda list 命令就有反應(yīng)了
conda list
以下是輸入conda list 顯示的結(jié)果
利用conda安裝生物信息軟件
安裝命令:
conda install samtools
搜索需要的安裝包:
提供一個(gè)網(wǎng)址,用于事先查找想安裝的軟件存不存在
conda available packages
當(dāng)然, 也可以用這個(gè)命令進(jìn)行搜索
conda search samtools
提示錯(cuò)誤，PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:，主要是沒(méi)有為conda添加相應(yīng)的下載軟件安裝包的channel
添加生物信息分析常用的channel，添加的是清華的鏡像channel
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
另外對(duì)channel常用的操作
顯示安裝的頻道
conda config --set show_channel_urls yes
查看已經(jīng)添加的channels
conda config --get channels
已添加的channel在哪里查看
vim ~/.condarc
添加完channel之后繼續(xù)下載
利用conda安裝生物信息軟件
conda install samtools
提示安裝進(jìn)程，顯示安裝完成
安裝完成后，可以用“which 軟件名”來(lái)查看該軟件安裝的位置：
which samtools
顯示samtools的安裝路徑
搜索目前軟件包有哪幾個(gè)版本
conda search samtools
如需要安裝特定的版本:
conda install 軟件名=版本號(hào)
conda samtools=1.10
這時(shí)conda會(huì)先卸載已安裝版本，然后重新安裝指定版本。
查看已安裝軟件:
conda list
更新指定軟件:
conda update samtools
卸載指定軟件:
conda remove gatk
退出conda環(huán)境
退出也很簡(jiǎn)單，之前我們是. ./activate 或者 (. ~/miniconda3/bin/activate)現(xiàn)在退出只要:
. ./deactivate
就退出當(dāng)前的環(huán)境了
