導(dǎo)讀：以雷達(dá)圖展示感興趣基因的表達(dá)和差異情況，外圈是基因名和log2fc，內(nèi)圈是兩組的表達(dá)值，令人耳目一新。

《International Journal of Molecular Sciences》文章Transcriptome Analysis Reveals the Effect of Stocking Density on Energy Metabolism in the Gills of?Cherax quadricarinatus?under Rice-Crayfish Co-Culture. Fig 2D以雷達(dá)圖展示了top20差異基因的表達(dá)和差異情況。以12點(diǎn)方向的Uingene0002225為例，從外到內(nèi)依次為：1)基因名Uingene0002225；2）兩組間的差異倍數(shù)log2fc -13.40；3）點(diǎn)圖，點(diǎn)的大小對(duì)應(yīng)|log2fc|，點(diǎn)的顏色表示上下調(diào)；4）LD組的表達(dá)值10.81；HD組的表達(dá)值0.00；5）雷達(dá)圖的高低表示表達(dá)值的大小。白色內(nèi)圈是圖例。該圖可以用于多種組學(xué)的結(jié)果展示，例如：轉(zhuǎn)錄組，表觀組，代謝組等

注意：該圖有點(diǎn)小bug，表達(dá)值為0的基因不是落在白色內(nèi)圈最外圍，也有部分顏色。微生信網(wǎng)站沒有這個(gè)問題。

1，打開作圖URL

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_gene_expression_radar_chart_296

圖2.繪圖頁面

2，示例數(shù)據(jù)

點(diǎn)擊圖片上方的示例數(shù)據(jù)，下載，并使用excel打開。

圖3. 示例數(shù)據(jù)

示例數(shù)據(jù)包括4列。

第1列是基因名

第2列是groupA的表達(dá)值

第3列是groupB的表達(dá)值

第4列是log2fc值

注：這里的log2fc值不一定正好等于log2(groupA/groupB)。以表達(dá)譜為例，表達(dá)值可能是TPM，而log2fc可能是DESeq2計(jì)算出來的。不影響數(shù)據(jù)展示。

3，輸入檢查

示例數(shù)據(jù)：點(diǎn)擊輸入框下面的“示例”按鈕，將載入示例數(shù)據(jù)。

真實(shí)數(shù)據(jù)：數(shù)據(jù)放在excel中，調(diào)整好后，Ctrl+A選中數(shù)據(jù)，Ctrl+C拷貝，Ctrl+V將數(shù)據(jù)粘貼到輸入框中。

圖4. 載入數(shù)據(jù)，輸入檢查

然后使用輸入框下面的“輸入檢查”按鈕先對(duì)輸入數(shù)據(jù)進(jìn)行檢查。若檢查不通過，請(qǐng)根據(jù)檢查提示重復(fù)【修改-輸入檢查】步驟，直到檢查通過（如下圖所示），然后可以繼續(xù)選擇其他參數(shù)。

圖5.輸入檢查結(jié)果.

注：輸入檢查是新添加的功能，它會(huì)根據(jù)不同模塊的輸入要求，逐行逐列檢查輸入數(shù)據(jù)，并給出提示，以確保數(shù)據(jù)符合模塊輸入要求。建議每次提交前先進(jìn)行輸入檢查。

4，選擇參數(shù)

圖6.繪圖參數(shù)

?圖片大小

由于是圓形，所以圖片的寬度和高度一樣

顏色

設(shè)置了兩組的顏色，注意：由于顏色疊加，圖中會(huì)出現(xiàn)第三種混合色，所以這里盡量選擇同一色系，例如：深藍(lán)和藍(lán)色。表達(dá)值的文字顏色對(duì)應(yīng)分組的顏色。

設(shè)置了up的顏色和down的顏色。

高度和范圍

白色內(nèi)圈高度的高度：占雷達(dá)圖的百分比，50就是占一半，數(shù)值越大，則白色內(nèi)圈越大。

雷達(dá)圖最大值：用來控制多邊形距離最外圈的高度，如果表達(dá)值最大值是100，留空則使用最大值的1.1倍作為最高點(diǎn)的值；若設(shè)置了最大值是200，則雷達(dá)點(diǎn)的最大值就在1/2處

基因名位置：基因名距離圓心的距離，請(qǐng)?jiān)趶较蚧蛩秸故净蛎麜r(shí)增大該值，以給基因留出足夠空間

表達(dá)值圖例標(biāo)題：分組的說明文字，默認(rèn)是Group

字體大小

分別設(shè)置了基因名的字體大小，log2fc的字體大小，表達(dá)值的字體大小，圖例的標(biāo)題和文字字體大?。ㄗ⒁猓核鼈兊膕cale是不一樣的）

基因和log2fc的顏色

設(shè)置了基因和log2fc的顏色選擇，默認(rèn)是黑色，若選擇了跟隨log2fc點(diǎn)的顏色，則文本顏色跟隨點(diǎn)的顏色。

基因名展示方式

提供了3種基因名展示方式，包括：切向（切線方向）；徑向（指向圓心），水平方向。在使用徑向水平方向展示基因名的時(shí)候，請(qǐng)?jiān)黾踊蛎恢玫臄?shù)值。

字體

設(shè)置了期刊雜志中最常用的兩種字體：Times New Roman和Arial。如需使用其他字體，可以下載pdf或者svg圖片，然后使用acrobat illustrator或者inkscape進(jìn)行編輯修改

5，提交出圖

檢查通過，并且參數(shù)選好后，點(diǎn)擊“提交”按鈕，約5s后，會(huì)在頁面上顯示雷達(dá)圖。我們提供了pdf、svg兩種矢量圖，png、tiff兩種標(biāo)量圖供大家下載使用。

圖7.預(yù)覽圖

請(qǐng)使用Acrobat Illustrator，inkscape等軟件編輯矢量圖（pdf或svg），進(jìn)行組圖，調(diào)整文字、圖像元素位置，字體，添加說明等操作，以滿足個(gè)性化需求。

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