PhyloBayes-MPI的github地址：
https://github.com/bayesiancook/pbmpi
github上面的東西下載以后不知道咋安裝，啥啥都沒有？還好有conda。
!!!最簡安裝方法20230405
提前安裝好mamba
mamba create -n phylobayes -c bioconda phylobayes-mpi
conda activate phylobayes
mpirun -np 4 pb_mpi -h
舊探索過程
PhyloBayes-MPI的anaconda地址：
https://anaconda.org/bioconda/phylobayes-mpi
1.> 安裝PhyloBayes-MPI
直接使用如下命令就可以安裝使用
conda install -c bioconda phylobayes-mpi
作廢了，我最近的嘗試發(fā)現(xiàn)這樣不行
除此以外，本次選擇用如下命令將pb_mpi裝在指定文件夾下面。
這個(gè)文件夾下就有pb_mpi獨(dú)立運(yùn)行所需的一切，可以方便地拷貝到別的電腦上。
*需要注意的是，需要保持路徑的一致。
比如在A電腦將pb_mpi安裝在/apps/pb_mpi，則B電腦也需要是/apps/pb_mpi路徑。
conda install -c bioconda phylobayes-mpi -p /apps/pb_mpi
/apps/pb_mpi/:
- bin #主程序在bin
- conda-meta
- etc
- include
- lib
- share
- x86_64-conda_cos6-linux-gnu
20221015
最近安裝時(shí)有一臺(tái)服務(wù)器可以直接用conda安裝，而其他用conda就出現(xiàn)軟件沖突報(bào)錯(cuò)，上述作廢的遷移也是不行了，于是換了一個(gè)方法按照指定軟件版本和依賴的方式安裝。
第一步在能正常安裝的服務(wù)器上創(chuàng)建了一個(gè)虛擬環(huán)境pb_mpi，然后進(jìn)入環(huán)境，導(dǎo)出環(huán)境文件。
conda activate pb_mpi
conda env export > pb_mpi.yaml
pb_mpi.yaml內(nèi)容入下：
name: pb_mpi
channels:
- bioconda
- conda-forge
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
- defaults
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
dependencies:
- _libgcc_mutex=0.1=conda_forge
- _openmp_mutex=4.5=2_gnu
- libgcc-ng=12.1.0=h8d9b700_16
- libgfortran-ng=12.1.0=h69a702a_16
- libgfortran5=12.1.0=hdcd56e2_16
- libgomp=12.1.0=h8d9b700_16
- libstdcxx-ng=12.1.0=ha89aaad_16
- libzlib=1.2.12=h166bdaf_4
- mpi=1.0=openmpi
- openmpi=4.1.4=ha1ae619_101
- phylobayes-mpi=1.9=h5c6ebe3_0
- zlib=1.2.12=h166bdaf_4
prefix: /home/asd/miniconda3/envs/pb_mpi
可以復(fù)制上面內(nèi)容自己制作環(huán)境文件
然后在不能正常安裝的電腦里面，根據(jù)該環(huán)境配置安裝。實(shí)測能用，奇了怪。
conda env create -f pb_mpi.yaml
2. > 添加軟件路徑到環(huán)境變量
獨(dú)立使用可以將軟件主程序目錄添加到環(huán)境變量內(nèi)。
參考網(wǎng)址
https://www.cnblogs.com/jpfss/p/11107080.html
1-添加到當(dāng)前用戶的全局設(shè)置設(shè)置中
vim ~/.bashrc
#按insert輸入如下內(nèi)容
export PATH=/apps/pb_mpi/bin:$PATH
#按Esc，輸入：wq！保存退出
source .bashrc
2-添加到所有用戶的全局設(shè)置中
vim /etc/profile
#按insert輸入如下內(nèi)容
export PATH=/apps/pb_mpi/bin:$PATH
#按Esc，輸入：wq！保存退出
source profile
3. >測試使用
$PATH可以展示以：分割的環(huán)境路徑。
echo $PATH
/apps/pb_mpi/bin:
可以準(zhǔn)備一個(gè)phy文件測試一下pb_mpi是否可以使用。
mpirun -np 4 pb_mpi -d test.phy -cat -gtr -x 10 1000 chain1
model:
stick-breaking Dirichlet process mixture (cat)
exchangeabilities estimated from data (gtr)
discrete gamma distribution of rates across sites (4 categories)
read data from file : test.phy
number of taxa : 351
number of sites : 3069
number of states: 20
#測試我只用了一個(gè)鏈，正式運(yùn)行需要至少兩條。
#出現(xiàn)上面這些信息基本是可以正常運(yùn)行了。
