最近需要畫LD block,之前一直用haploview軟件畫，haploview軟件毛病比較多，比如不能有多態(tài)位點(diǎn)，輸入的變異位點(diǎn)不能太多等。動(dòng)不動(dòng)就報(bào)錯(cuò)。

最近試了一下另外一個(gè)畫LD block的軟件LDBlockShow，比haploview好用許多。不需要自己剔除多態(tài)位點(diǎn)，直接輸入vcf文件即可，簡(jiǎn)直就是心頭好。

直接下載安裝:

wget https://github.com/BGI-shenzhen/LDBlockShow/archive/v1.33.tar.gz
tar -zxvf v1.33.tar.gz
cd LDBlockShow-1.33/src/
sh  make.sh 
cd ../bin/

畫LD圖：

LDBlockShow -InVCF 1000genomes.vcf.gz -OutPut file -Region chr11:2142000:2342000 -OutPdf

解釋一下：

LDBlockShow指LDBlockShow軟件；
1000genomes.vcf.gz：壓縮格式的vcf文件；
file：輸出文件名為file；
chr11:2142000:2342000指的是畫區(qū)域chr11:2142000:2342000的連鎖圖，這里注意一下，如果你的染色體號(hào)不是chr開(kāi)頭，而是以阿拉伯?dāng)?shù)字開(kāi)頭的話，則需要寫成11:2142000:2342000;
-OutPdf輸出格式為pdf;

畫完后效果如下所示：

image

我們還想個(gè)性化修改一下圖的顏色，則用以下命令：

ShowLDSVG -InPreFix file -OutPut fileout -crMiddle 192,192,192 -crEnd 64,64,64 -crTagSNP 255,0,0 -OutPdf

ShowLDSVG指的是ShowLDSVG軟件的地址；
file指的是上個(gè)步驟生成的file文件名；
fileout指的是輸出文件名；
-crMiddle指的是不完全連鎖時(shí)（R^2/D’）的顏色，顏色可以用RGB表示；
-crEnd指的是完全連鎖時(shí)的顏色，顏色可以用RGB表示；
-crTagSNP指定tagSNP的顏色，顏色可以用RGB表示；

效果圖如下所示：

image

另外提一下，使用這個(gè)軟件時(shí)可能會(huì)存在的報(bào)錯(cuò)：Perl lib version (5.28.1) doesn't match executable '/usr/bin/perl' version (5.16.3)

解決方案見(jiàn)鏈接：http://www.itdecent.cn/p/4c68570bb087

image