由于 xuzhougeng 最近更新了clusterProfiler中的擬南芥注釋信息，這個(gè)包又確實(shí)好用，所以想辦法安裝，期間遇到了很多問題，現(xiàn)在也算是順利安裝上了，記錄一下。
- 根據(jù)Xu在Github上的代碼安裝說明，首先在Windows上安裝了Git，很簡單，官網(wǎng)直接下載安裝即可，參考廖雪峰的官方網(wǎng)站
- 打開Git bash，運(yùn)行命令行
cd D:/
git clone https://github.com/xuzhougeng/org.At.tair.db.git
cd org.At.tair.db
- 根據(jù)安裝說明，本應(yīng)該是直接命令行安裝
Rscript org.At.tair.db.R
但是，我的R有很多包沒有安裝，會(huì)出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)，所以在R studio中打開org.At.tair.db.R 一步步先安裝包，再運(yùn)行腳本
- 安裝所需的R包，安裝環(huán)境R-3.4.3（用新更新的R-3.6.0安裝報(bào)錯(cuò)，就換了這個(gè)舊版本）
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("RSQLite")
> biocLite("AnnotationForge")
> library(RSQLite)
Error: package or namespace load failed for ‘RSQLite’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
不存在叫‘digest’這個(gè)名字的程輯包
In addition: Warning message:
程輯包‘RSQLite’是用R版本3.4.4 來建造的
> biocLite("digest")
> library(RSQLite)
> library(AnnotationForge)
- 遭遇了一些失敗以后，終于安裝了這兩個(gè)包，可以依次運(yùn)行Xu接下來的代碼了，但是我之前安裝的時(shí)候會(huì)遇到報(bào)錯(cuò)
報(bào)錯(cuò)發(fā)生在這個(gè)命令之后：
> makeOrgPackage(go=go_df,
pub_info = pub_df,
symbol_info = symbol_df,
function_info = func_df,
version = "0.1",
maintainer = "xuzhougeng <xuzhougeng@163.com>",
author="xuzhogueng <xuzhougeng@163.com>",
outputDir = file_path,
tax_id = "3702",
genus = "At",
species = "tair10",
goTable = "go"
)
運(yùn)行最后報(bào)錯(cuò)提示
經(jīng)高人指點(diǎn)，發(fā)現(xiàn)錯(cuò)誤原因，將原本的代碼：
func_df$SHORT_DESCRIPTION <- ifelse(nchar(func_df$SHORT_DESCRIPTION) == 0,
NA, func_df$SHORT_DESCRIPTION)
修改為：
func_df$SHORT_DESCRIPTION <- ifelse(nchar(func_df$SHORT_DESCRIPTION) == 0,
"NULL", func_df$SHORT_DESCRIPTION)
重新運(yùn)行后，成功安裝啦?。?！
PS：其實(shí)呢，用R-3.6.0的環(huán)境，也安裝成功了，之前報(bào)錯(cuò)這樣的，無法使用RSQLite連接到數(shù)據(jù)庫：
makeOrgPackage()時(shí)報(bào)錯(cuò)
經(jīng)過網(wǎng)上查看發(fā)現(xiàn)，可能是因?yàn)闆]有權(quán)限，所以重新以管理員身份運(yùn)行Rstudio，順利的也就安裝好了?。?！開心！??！
