寫(xiě)在前面
我經(jīng)常使用一個(gè)不起眼的功能，Fasta Stat。但從未寫(xiě)過(guò)相關(guān)推送。主要是其使用過(guò)于簡(jiǎn)單，只要把 Fasta 序列文件放進(jìn)去，點(diǎn)擊 Start 就可以了。早上起來(lái)，突然想起了這一功能，并增加了一個(gè)相對(duì)高頻的需求快捷完成選項(xiàng)。既然這一功能是我高頻使用，那么相信他就跟序列提取功能類(lèi)似。雖然不起眼，雖然是小功能，但是很實(shí)用，甚至或者是最能節(jié)約數(shù)據(jù)分析時(shí)間。
于是索性也寫(xiě)一個(gè)帖子
快速統(tǒng)計(jì) Fasta 文件/序列 的相關(guān)信息
在日常分析中，我們常常手上會(huì)有一個(gè) Fasta 序列文件，文件可能很小，數(shù)十 Kb，也可能很大 數(shù)十 Gb。當(dāng)然，可以使用 TBtools 的 Big File View 進(jìn)行快速瀏覽。更多時(shí)候，我們想要知道的或許是：
- 有多少個(gè)序列？
- 序列長(zhǎng)度分布幾何？比如 N50
- 序列 GC 含量幾何？
- 如果是組裝結(jié)果，Gaps 情況如何？
......
于是，你打開(kāi)了 TBtools
于是看到
輸入界面簡(jiǎn)單
可以看到，上述操作可以快速獲得序列文件概覽
獲取每一個(gè)序列的統(tǒng)計(jì)信息
有些時(shí)候 ，我們不僅僅想要知道序列文件整體情況，我們還想知道其中每條序列的長(zhǎng)度，GC含量等等
于是操作起來(lái)也很簡(jiǎn)單，只需要設(shè)置一個(gè)輸出文件就可以
便捷操作有二
直接輸出序列長(zhǎng)度信息。事實(shí)上，這個(gè)功能比較常用，比如一些FPKM/RPKM的計(jì)算，比如Basic BioSequences View等序列結(jié)構(gòu)可視化功能等。
此時(shí)只需要補(bǔ)充勾選Keep Only Sequence Length即可。于是上述輸出文件會(huì)變成，
超快，超方便~
快速查看幾/一個(gè)序列的情況。有時(shí)候，我們手上會(huì)有一個(gè)或幾個(gè)序列，會(huì)想要快速查看其大體情況，比如長(zhǎng)度。那么，直接切換輸入選項(xiàng)到 Seq Input 即可。
寫(xiě)在后面
Emmm... 功能整體就這么簡(jiǎn)單。其實(shí)我甚至認(rèn)為，不需要這個(gè)推文，每個(gè)人看到 這個(gè)功能也知道怎么使用。當(dāng)然，這是我個(gè)人寫(xiě) TBtools 時(shí)一直期望。
真正優(yōu)秀的界面化工具，應(yīng)該是一打開(kāi)就會(huì)使用，而無(wú)需Manual。
不過(guò)，這有可能嗎？哈哈。
