Linux mint 19 安裝r和Rstudio,ubuntu/debian系統(tǒng)可以借鑒


參考資料,對原作者表示感謝!
Ubuntu18.04桌面版安裝Qt5.12.1
編譯安裝R的問題記錄,寫的很詳細(xì)。mark一下
轉(zhuǎn)錄組入門(1):軟件準(zhǔn)備


Fedora的界面UI確實好用,就我看來,把窗口鍵改成原來 Alt + Tab 的創(chuàng)舉著實可以讓人提高工作效率。奈何地溝油就是地溝油,這東西linux之父能玩的轉(zhuǎn),但對于一些只是希望用linux辦公的新人而言可就沒那么簡單了:裝個軟件各種報錯,錯誤代碼猶如天書般讓人捉摸不透,網(wǎng)上一查才知道只是簡單的因為缺少了某某依賴包;源碼安裝又太浪費時間,也繞不開一大堆的依賴性問題。折騰了整整兩天,不禁淚流滿面,仰天長嘆曰:

“你是來幫我提高效率的還是來添麻煩的?”

畢竟我們又不是內(nèi)行,問題出在哪都看不懂,怎么給你解決嘛。最要命的是使用一些小眾軟件辦公的,網(wǎng)上連教程都找不到,換系統(tǒng)的心都有了。

嘿嘿于是,在反復(fù)嘗試在fedora中安裝Rstudio后,決定轉(zhuǎn)戰(zhàn)ubuntu陣營了。linux mint對新手是真的友好,起碼安裝驅(qū)動這一關(guān)就不用你太操心。雖然安裝的時候還是有依賴性問題,但不至于無法解決。
好,開始正題。


安裝R

1.1 apt 安裝

極其不推薦新手使用源碼包進(jìn)行安裝,如果你不是搞開發(fā)的,請老實的使用apt工具,畢竟你追求的是效率,不是穩(wěn)定性。

  1. 為apt命令添加源
    打開終端
sudo gedit /etc/apt/sources.list

加入

從R官網(wǎng)上提供的國內(nèi)源鏡像隨便選擇一個點進(jìn)去,右鍵單擊bionic-cran35/復(fù)制該鏈接
(如果不行就直接復(fù)制這個https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/)

deb http://源鏡像/bin/linux/ubuntu的代號名稱/
例如:
deb http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu raring/

說一下為什么要選擇 bionic-cran35
這里的bionic-cran35其實就是ubuntu 18的代號名稱,可以使用
lsb_release -a查看,因為linuxmint19是基于ubuntu18,所以用了這個
查看版本代號的方法,可以參考我的另一篇文章 http://www.itdecent.cn/p/b14e96e60724

  1. 接著終端輸入獲取公鑰
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9

參考http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README

  1. 最后,終端輸入

    sudo apt-get update
    sudo apt-get install r-base

結(jié)束!

1.2 編譯安裝R

好吧, 果然,有時候flag不能立的太早。否則就容易啪啪打臉呀!Apt安裝的r,確實有著方便快捷的好處,但是從鏡像源選擇默認(rèn)安裝的版本一般都是最新版。所以在你安裝的時候請嘗試使用這條命令。

可是我當(dāng)時就沒有想到這個問題。安裝了最新版的啊。有許多。常用的包根本就不能使用。比如de pillar。比如,積極plot to。
但是我也沒有想到用上面這條命令的方式,于是走了一個。最極端的路線。選擇變眼妝。既然都用了,就在這兒記錄一下這個方式吧。
其實最關(guān)鍵的問題還是官方?jīng)]有給出二所需要的依賴。如果他能把二所需要的依賴列一個表格,然后放在install文件里,這樣我們就可以免去很多安裝報錯的麻煩。嗯,內(nèi)容大致就來自于這其實也沒有什么別的放東西。

安裝Rstudio

1. 安裝依賴包

這是 github 上最新版 rstudio 對依賴包及其版本的最低要求,我并沒有選擇編譯安裝 rstudio,所以并沒有安裝 cmake,想想boost可能也用不到,不過誤打誤撞裝上了,嫌麻煩也就不再卸載了

  • R 3.0.1
  • CMake 3.4.3 or newer
  • Boost 1.69
  • Qt 5.12.1 [Required only for Desktop]
  • patchelf 0.9 [Required only for Desktop]

1.1 Qt 5.12.1 的安裝

官方下載地址 http://download.qt.io/archive/qt/
選擇下載qt-opensourece-linux-x64-5.12.1.run

打開終端,cd到文件所在目錄
給軟件權(quán)限
sudo chmod 755 qt-opensource-linux-x64-5.12.1.run

安裝
sudo ./qt-opensource-linux-x64-5.12.1.run

說兩點:

  • Rstudio 對Qt的推薦安裝位置是 /opt/RStudio-QtSDK,可以在之后的圖形界面進(jìn)行修改。
  • 我們安裝時只需要勾選tools 和 Desktop 兩項即可。

1.2 boost 安裝

可以參考我的我的另一篇文章 http://www.itdecent.cn/p/125782d30a3f

1.3 patchelf 0.9安裝

去官網(wǎng)下載 patchelf 0.9 的deb包,進(jìn)入下載路徑運行

sudo dpkg -i patchelf_0.9-1_amd64.deb     

我記得沒有什么依賴,有的話提示什么就用apt命令安裝,很順利就完成了

2 下載安裝Rstudio

RStudio官網(wǎng)去下載最新版RStudio,當(dāng)前所使用的是1.2.1335版本。
Ubuntu 18.04/Linux Mint 19
https://download1.rstudio.org/desktop/bionic/amd64/rstudio-1.2.1335-amd64.deb

安裝
sudo dpkg -i rstudio-1.2.1335-amd64.deb

3 運行

運行時要使用 su 命令切換到root用戶,否則報錯

$ rstudio 
"Uncaught TypeError: Cannot read property 'notifyRCrashed' of undefined"

root 用戶不能直接輸入rstudio 打開,否則報錯

# rstudio
[9422:9422:0819/142114.216655:ERROR:zygote_host_impl_linux.cc(89)] Running as root without --no-sandbox is not supported. See https://crbug.com/638180.

正確打開方式,root 用戶輸入

rstudio --no-sandbox

4 后續(xù)使用的問題記錄

4.1 重新安裝R之后rstudio提示

ERROR Unable to find an installation of R on the system (which R didn't return valid output);

將安裝目錄下的 /bin/R 在 /usr/bin/ 下創(chuàng)建一個軟鏈接

I actually got it fixed by adding a soft link to the R installation:

$ ln -s /opt/vertica/R/bin/R /usr/bin/R

I didn't think this will work but it did.
Now I am having another problem with displaying figures in RStudio server. I'll open a new question for that one.

4.2 重新安裝R之后rstudio提示

ERROR Unable to find libR.so in expected locations within R Home directory /usr/local/lib64/R

找不到 libR .so ;分兩種情況

  1. 系統(tǒng)中存在/usr/lib/R/lib/libR.so文件
    直接把/usr/lib/R/lib/libR.so軟連接到/usr/local/lib/R/lib/libR.so,這樣在rstudio運行時就找到了libR.so了。

  2. 系統(tǒng)中不存在/usr/lib/R/lib/libR.so文件
    編譯時未添加--enable-R-shlib導(dǎo)致,重新編譯R(人家在官網(wǎng)INSTALL文件寫的很清楚,以后要多仔細(xì)看看INSTALL文件,減少很多彎路)。

./configure --enable-R-shlib

4.3 安裝'sf'包提示

Error: gdal-config not found
The gdal-config script distributed with GDAL could not be found

終端下安裝缺少的 libgdal-dev 函式庫

apt install libgdal-dev

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