單細(xì)胞技術(shù)把組學(xué)拉到了前所未有的分辨率之下，再一次讓我們看到了組學(xué)的希望，也帶來了新的挑戰(zhàn)。新形勢下，我們?nèi)绾螒?yīng)用生物信息學(xué)手段挖掘組學(xué)數(shù)據(jù)呢？這一思考無疑是有意義的，于是，按照慣例，我們需要找到引領(lǐng)我們思考的讀物——《組學(xué)數(shù)據(jù)生物信息學(xué)》。
看這目錄，肯定是值得一讀的了，標(biāo)準(zhǔn)的NGS教科書。買來一看，才知道，除了封面、目錄和前言剩下的都是英文的?？简為喿x理解的時候到了。
談?wù)効偟母惺馨桑?/p>
NGS的最明顯的特點是數(shù)據(jù)通量大，產(chǎn)生的速度快。帶來的一個挑戰(zhàn)就是數(shù)據(jù)解釋速度跟不上，所以在NGS的數(shù)據(jù)分析中一個主要的工作就是：注釋（annotation）?；蛐枰⑨專鞍仔枰⑨?，OTU需要注釋；CellType需要注釋。。。注釋的工作是從數(shù)據(jù)到信息，也就是翻譯成人能讀懂的信息。數(shù)據(jù)還有幾個特點：
- 數(shù)據(jù)庫化
- 數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)標(biāo)準(zhǔn)
- 數(shù)據(jù)管理
- 分享數(shù)據(jù)
這些在傳統(tǒng)的科研范式下是很少同時面對的。
數(shù)據(jù)的通量高，相應(yīng)的信息也比較復(fù)雜，呈現(xiàn)出網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)。信息又有：
- 網(wǎng)絡(luò)化
- 在線信息與本地信息
- 相關(guān)性（關(guān)聯(lián)）
- 復(fù)雜
- 共享
我們看到信息的結(jié)構(gòu)不是單一的、線性的，而是呈網(wǎng)狀。這也許是一件好事，但更多的是帶來困惑。在我們不知道的時候，我們渴望知道更多，當(dāng)我們知道一點，就會引發(fā)一連串的想象。
信息太多，我們需要組織起來，形成有規(guī)律的知識。當(dāng)然知識和信息并沒有明確的概念，對A來說是信息，對B來說可能是就知識。這里，知識，有點像我們說的生物學(xué)背景。一般是通路，（基因，蛋白等）調(diào)節(jié)信息，在NGS的分析中，往往對應(yīng)一個基因集（GeneList）。在數(shù)據(jù)挖掘的過程中，我們用各種手段找到基因集，接下來的主要任務(wù)是找到這個基因集的生物學(xué)意義。這些目前也大部分組織起來了，如GO，KEGG這樣的數(shù)據(jù)庫。
我們看到，在這里數(shù)據(jù)分析是DB2DB的，即，數(shù)據(jù)庫到數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)挖掘：從數(shù)據(jù)庫里面抓一些數(shù)據(jù)，再從數(shù)據(jù)庫里面抓一些注釋，分析一波之后，再往數(shù)據(jù)庫里面上傳一些數(shù)據(jù)，再豐富一下注釋數(shù)據(jù)庫。如，在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中，我們有一下模式（不失一般地）：
組學(xué)中另一個核心是：整合。整合不同模態(tài)的數(shù)據(jù)，RNA，DNA，ATAC，膜蛋白，TF。在歷史上，整合有過和不同的名字：聯(lián)合分析、關(guān)聯(lián)分析，預(yù)測分析。。。
這當(dāng)然是個新的機(jī)會，使得我們可以更全面地觀察生物學(xué)現(xiàn)象，但是這也是一個新的挑戰(zhàn)。雖然我們已經(jīng)知道生命的基本化學(xué)過程：中心法則。然而，我們知道這距離顯示具體情況還很遙遠(yuǎn)，一個基因組水平的代謝網(wǎng)絡(luò)，目前我們也只能給出概念圖。
閱讀本書的第三點感受是：知識就像珠穆朗峰，要抵達(dá)那里，不僅需要頑強(qiáng)的意志，也需要精良的裝備。這里說的當(dāng)然是算法了。隨著知識結(jié)構(gòu)的復(fù)雜，緊靠可視化來看是不夠的的，也是看不過來的。如何發(fā)現(xiàn)信息背后的知識？如何尋找新的靶標(biāo)？如何驗證？知識的發(fā)現(xiàn)之旅，何其迷人。有時候竟然有一種，前不見古人，后不見來者，念天地之悠悠的悲愴。也會有空山不見人但聞人語響的欣喜。
以顫抖之軀追趕，懷敬畏之心挑戰(zhàn)。
----《棋魂》
https://book.douban.com/subject/20423280/
https://www.nature.com/articles/s12276-020-0409-x
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5702902/
