找論文的時(shí)候偶然發(fā)現(xiàn)的這本參考書，個(gè)人感覺內(nèi)容還挺豐富的，在這里推薦給大家 書名是 《Plant Bioinformatics Methods and Protocols》third edition

我看了下是2022年出的 是最新的一版，全書總共28章

• 第一章 Using GenBank and SRA

介紹了genbank和sra數(shù)據(jù)庫(kù)的一些內(nèi)容

• 第二章 Scripting Analyses of Genomes in Ensembl Plants

主要介紹了Ensembl Plants這個(gè)植物基因組數(shù)據(jù)庫(kù)的一些內(nèi)容

• 第三章CyVerse for Reproducible Research: RNA-Seq Analysis

這個(gè)CyVerse我試用了一下，我的理解就是類似于一個(gè)云平臺(tái)，安裝好了各種生信工具，我們可以直接上傳數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。需要用教育郵箱注冊(cè)，注冊(cè)好以后有100G的空間可以使用。這一章是提供了一個(gè)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)處理的一個(gè)例子。我試了第一步，從ncbi下載sra格式的數(shù)據(jù)。全程就是點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)，還挺方便的。

• 第四章Doing Genetic and Genomic Biology Using the Legume Information System and Associated Resources

這一章可能是介紹和豆科植物相關(guān)的一些資源工具的，這一章我還沒有看

• 第五章Gramene: A Resource for Comparative Analysis of Plants Genomes and Pathways

主要介紹了Gramene這個(gè)在線平臺(tái)。這個(gè)平臺(tái)我還是第一次聽說，有時(shí)間仔細(xì)看看有什么功能

• 第六章CerealsDB: A Whistle-Stop Tour of an Open Access SNP Resource

谷物類作物的一個(gè)基因組數(shù)據(jù)庫(kù)吧

• 第七章The Barley and Wheat Pan-Genomes

大麥小麥的一些泛基因組的研究情況

• 第八章Basics of Bash

linux操作系統(tǒng)的一些基礎(chǔ)命令

• 第九章Pipeline Automation via Snakemake

snakemake 是用來搭建生信數(shù)據(jù)分析流程的，基于python

• 第十章 SciApps: An Automated Platform for Processing and Distribution of Plant Genomics Data

SciApps 我的理解是云平臺(tái)，內(nèi)置了很多分析軟件，有時(shí)間好好研究一下這個(gè)，好像需要借助第三章CyVerse這個(gè)工具的存儲(chǔ)空間

• 第十一章 Trimming and Validation of Illumina Short Reads Using Trimmomatic, Trinity Assembly, and Assessment of RNA-Seq Data

轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析

• 第十二章 De Novo Assembly of Linked Reads Using Supernova 2.0

基因組組裝相關(guān)，還沒有仔細(xì)看

• 第十三章 Applications of Optical Mapping for Plant Genome Assembly and Structural Variation Detection

光學(xué)圖譜基因組組裝和結(jié)構(gòu)變異檢測(cè)

• 第十四章 Making a Pangenome Using the Iterative Mapping Approach

泛基因組相關(guān)

• 第十五章 Construction of Practical Haplotype Graph (PHG) with the Whole-Genome Sequence Data

單倍型基因組組裝

• 第十六章 Visualization Tools for Genomic Conservation

基因組共線性分析可視化的工具

• 第十七章 Annotation of Protein-Coding Genes in Plant Genomes

植物基因組蛋白編碼基因注釋

• 第十八章 Finding and Characterizing Repeats in Plant Genomes

基因組中的重復(fù)序列

• 第十九章 Gene Co-expression Network Analysis

基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)，這一章寫的不是很細(xì)致

• 第二十章 Skim-Based Genotyping by Sequencing Using a Double Haploid Population to Call SNPs, Infer Gene Conversions, and Improve Genome Assemblies

這個(gè)標(biāo)題我還沒看出來是啥意思

• 第二十一章 Managing High-Density Genotyping Data with Gigwa

介紹Gigwa這個(gè)工具。應(yīng)該仔細(xì)看看

• 第二十二章 Machine Learning for Image Analysis: Leaf Disease Segmentation

機(jī)器學(xué)習(xí)相關(guān)，利用圖片數(shù)據(jù)檢測(cè)病蟲害 現(xiàn)在做這方面好像很火爆

• 第二十三章 Analysis of Bisulfite Sequencing Data Using Bismark and DMRcaller to Identify Differentially Methylated Regions

甲基化數(shù)據(jù)分析相關(guān)

• 第二十四章 Long Intergenic Noncoding RNA (lincRNA) Discovery from Non-Strand-Specific RNA-Seq Data

長(zhǎng)鏈非編碼RNA

• 第二十五章 Linkage Disequilibrium Statistics and Block Visualization

連鎖不平衡分析和數(shù)據(jù)可視化

• 第二十六章 Analysis of Small RNA Sequencing Data in Plants

植物小RNA數(shù)據(jù)分析

• 第二十七章 Plant Reactome and PubChem: The Plant Pathway and (Bio)Chemical Entity Knowledgebases

這個(gè)之前還沒有接觸過

• 第二十八章 AgroLD: A Knowledge Graph Database for Plant Functional Genomics

這個(gè)也沒有看懂是什么意思 有時(shí)間仔細(xì)看看

這本書的pdf版本在網(wǎng)上直接檢索書名應(yīng)該可以找到。

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