提取指定區(qū)域基因組序列
- 單個序列,samtools faidx 提?。?br>
samtools faidx reference.fa chr1:1000-1100 - 多個區(qū)域序列提取,構(gòu)建區(qū)域bed文件, 利用bedtools提取:
bedtools getfasta -fi reference.fa -bed target.bed -fo output.fa
samtools faidx reference.fa chr1:1000-1100
bedtools getfasta -fi reference.fa -bed target.bed -fo output.fa