2023-03-02老師讓我?guī)兔ψ鰝€圖系列

2016年Nature高老師Chip-seq數(shù)據(jù)

需要ICM。TE的富集信號強度

查了GEO有現(xiàn)成的bw下載后deeptools處理

首先，準備genomic feature文件，文章用的mm9

http://www.itdecent.cn/p/d6cb795af22a下載教程，下對應的基因組bed注釋文件

然后就deeptools畫


computeMatrix reference-point --referencePoint TSS -p 50 -b 2000 -a 2000 -R mm9_ucsc_refseq.bed -S *.bw --skipZeros --missingDataAsZero -o K27_ICM_TE__TSS.gz

然后plotProfile -m K27_ICM_TE__TSS.gz -out profile_K27_ICM_TE_TSS_merge.pdf --perGroup

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