上文提到用bowtie2獲得了三個sam文件，但通常會將其轉(zhuǎn)化為bam文件進(jìn)行查閱。

使用conda下載samtools工具，過程參考《生信小白——初學(xué)bowtie2》。

sam to bam

進(jìn)入之前獲得的read目錄下，其中有待轉(zhuǎn)化的sam文件。輸入$ samtools view -bS a_20_Tsa.sam(輸入sam文件) > a_20_Tsa.bam(輸出bam文件) 。

分別獲得對應(yīng)的bam文件

以此類推獲得相應(yīng)的bam文件，從文件大小可以看出轉(zhuǎn)換后的bam文件比sam文件要小很多。

bam文件不同于sam文件可以用文本編輯打開，因為它是一個二進(jìn)制文檔，不可讀。因此在bam文件所在目錄下輸入samtools view a_0_Tsa.bam(文件名) |less -SN查看。

查看bam文件

bam文件顯示的結(jié)果

sort指令

剛才的比對結(jié)果是以reads的輸入順序進(jìn)行排序的，但后續(xù)分析通常是用比對到基因組的位置進(jìn)行排序，這里就需要用到sort。輸入samtools sort a_0_Tsa.bam(輸入文件名) -o a_0_Tsa.sorted.bam(輸出文件名)

得到sort后的bam文件

再次查看結(jié)果，就和之前的結(jié)果不一樣了。

sort后bam文件顯示的結(jié)果

bam文件的具體介紹可以看（http://www.itdecent.cn/p/364e640d3c9f），非常詳細(xì)。

參考及感謝

黃樹嘉????從零開始完整學(xué)習(xí)全基因組測序數(shù)據(jù)分析：第5節(jié) 理解并操作BAM文件：http://www.itdecent.cn/p/364e640d3c9f