identifying significant metabolic cooperators and competitors between bacterial species pairs.?

識(shí)別細(xì)菌物種對(duì)之間重要的代謝合作者與競(jìng)爭(zhēng)者

PhyloMInt安裝

單獨(dú)創(chuàng)建一個(gè)conda的環(huán)境

source ~lishasha/.miniconda3_env?

conda create -n?PhyloMInt?python=3.8 -y? #指定python的版本

conda activate?PhyloMInt? #激活環(huán)境安裝其他依賴(lài)的軟件

git clone https://github.com/mgtools/PhyloMint.git? ? ? ?#下載軟件

export PATH=/usr/lishasha/biosoft/PhyloMint:$PATH? ? ? ?#應(yīng)用程序放在自己的環(huán)境里

export PATH=/usr/lishasha/biosoft/PhyloMint/lib/FragGeneScan1.30:$PATH? ? ? ???#應(yīng)用程序放在自己的環(huán)境里

conda install pandas numpy networkx -y? ?#安裝依賴(lài)的python包

conda install -c conda-forge python-libsbml -y? ?#安裝依賴(lài)的python包

# 若conda安裝失敗（如源中無(wú)對(duì)應(yīng)版本），用pip安裝

pip install python-libsbml

conda install -c bioconda carveme -y? ? ? ?#安裝PhyloMInt 依賴(lài)的軟件

我沒(méi)有報(bào)錯(cuò)，你們報(bào)錯(cuò)了，可以看看是不是自己的環(huán)境有問(wèn)題

PhyloMInt的使用

source ~lishasha/.miniconda3_env?

conda activate?PhyloMInt?

PhyloMInt -c ./genome --outdir outdir -o PhyloMInt_output.tsv? ? ?

#./genome放置你關(guān)注的基因組

https://sv.insysbio.com/? 可以查看SBML文件