本人既往研究的關(guān)鍵SNP位點信息：rs2243890 - SNP - NCBI (nih.gov)

Decreased activity of RCAN1.4 is a potential risk factor for congenital heart disease in a Han Chinese population (fudan.edu.cn)
前期完成該位點部分研究，實驗證實啟動子區(qū)的SNP位點影響轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合，推測結(jié)合了轉(zhuǎn)錄抑制因子，因此需要進(jìn)一步研究具體結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子。

全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）發(fā)現(xiàn)的很多變異位點基本為非編碼，這些變異位點：
1）要么調(diào)控基因表達(dá)（eQTL）;
2）要么影響增強(qiáng)子活性;
3）要么影響轉(zhuǎn)錄因子（TF）結(jié)合特異性;
4）要么啥也不是。

針對以上四種情況：

1）是否調(diào)控基因表達(dá)（eQTL）可通過GTEx Portal查詢。

無法打開鏈接

2）是否影響增強(qiáng)子活性查找相關(guān)資料找到之前的推文：感興趣的SNP/區(qū)域上是否有增強(qiáng)子/轉(zhuǎn)錄因子？增強(qiáng)子/轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控哪個靶基因？（EnhancerDB） (qq.com)

哇塞，好人，點贊，跳轉(zhuǎn)鏈接，激動...

哦豁，掛了

3）是否影響轉(zhuǎn)錄因子（TF）結(jié)合特異性則可通過如下數(shù)據(jù)庫進(jìn)行查詢：GVATdb (sdsc.edu)

Natures有一篇文獻(xiàn)Systematic analysis of binding of transcription factors to noncoding variants。

該文獻(xiàn)針對95,886個常見變異位點（SNPs,歐洲和亞洲人群的MAF> 1％）與270個轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合特異性進(jìn)行了大量的SNP-SELEX實驗，并以此構(gòu)建了GVATdb數(shù)據(jù)庫。

下圖是針對轉(zhuǎn)錄因子或者SNP位點進(jìn)行檢索的實驗結(jié)果圖：

網(wǎng)站示例SNP

輸入目標(biāo)SNP：rs2243890

唉，也不知道是沒有收錄還是真的沒有結(jié)合，憂傷

還是學(xué)習(xí)一下吧，每列的釋義如下：

• oligo_auc：轉(zhuǎn)錄因子與40bp DNA 序列的結(jié)合得分, 用AUC(Area under Curve)值表示；
• oligo_pval：對OBS進(jìn)行25,000次蒙特卡洛隨機(jī)化后得到的p值。p<0.05表示TF與基因組片段的特異性“結(jié)合”；
• Alt：SNP（hg19）的替代等位基因；
• Ref：SNP（hg19）的參考等位基因；
• ref_auc：ref 與 TF 的結(jié)合得分；
• alt_auc：alt 與 TF 的結(jié)合得分；
• pbs：結(jié)合傾向性得分，公式為：Ref 等位基因得分減去 Alt 等位基因得分，負(fù)值表示轉(zhuǎn)錄因子更傾向于結(jié)合 Alt 等位基因；
• p-value：對 PBS 進(jìn)行25,000次蒙特卡洛隨機(jī)化后得到的 p 值。 p<0.01 表示 TF 與 Ref 等位基因和 Alt 等位基因結(jié)合“存在差異”。
  此外，對于沒有納入 SNP-SELEX 實驗的 SNP 位點，作者還建立了 deltaSVM 模型，用于預(yù)測未納入的 SNP 位點與 TF 的結(jié)合特異性，如下圖所示：

提交了位置信息還是沒有收到結(jié)果

又搜索了一下，找到另一個網(wǎng)站進(jìn)行預(yù)測：兩步預(yù)測SNP與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的神器分享 (biodog.cn)
按照提示輸入目標(biāo)SNP

沒有結(jié)果-_-

先記錄到這里，后面再繼續(xù)學(xué)習(xí)吧。

參考文獻(xiàn)：Yan J, Qiu Y, Dos Santos A M R, et al. Systematic analysis of binding of transcription factors to noncoding variants[J]. Nature, 2021: 1-5.