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特此致謝：生信技能樹
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需要了解的內容：TCGA的研究范圍、數(shù)據(jù)來源、數(shù)據(jù)格式、數(shù)據(jù)儲存、基本的生物學概念、腫瘤學知識、熟悉使用R語言
R語言教程：https://www.bilibili.com/video/av25643438?from=search&seid=2313097517440657329
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配套代碼：https://github.com/jmzeng1314/tcga_example 也可以把整個github上的代碼打包下來（就是考驗網(wǎng)速---事實證明：網(wǎng)速卒）
miRNA數(shù)據(jù)庫：http://www.mirbase.org/
miRNA 的命名方式：(引自周凡，莊詩美.《microRNA與腫瘤》, 生命科學, 2008, 20(2):207-212. )
(1) miRNA 簡寫成miR，再根據(jù)其被克隆的先后順序加上阿拉伯數(shù)字，如miR-21
(2) 高度同源的miRNA 在數(shù)字后加上英文小寫字母(a、b 、c)，如miR-199a 和miR-199b；
(3) 由不同染色體上的DNA序列轉錄加工而成的具有相同成熟體序列的miRNA，則在后面加上阿拉伯數(shù)字以區(qū)分, 如miR-199a-1 和miR-199a-2；
(4) 如果一個前體的2 個臂分別加工產生miRNA，則根據(jù)克隆實驗，在表達水平較低的miRNA 后面加“”，如miR-199a和miR-199a，或進行如下命名，miR-142-5p(也可命名為miR-142-s，表示從5' 端的臂加工而來)和miR-142-3p(也可命名為miR-142-as，表示從3′端的臂加工而來)；
(5) 將物種縮寫置于miRNA 之前，如hsa-miR-195 ；
(6) 確定命名規(guī)則之前發(fā)現(xiàn)的miRNA，如let-7，則保留原來名字。
流程：
下載數(shù)據(jù)
提取表達矩陣、臨床信息
差異分析---count用DEG+limma；micro-reads用limma
把每個結果存成Rdata
bach--logrank（去NA、修改變量名稱、引入臨床信息開始做生存分析---生存分析的幾個統(tǒng)計學方法？）
bach--cox(cox回歸，探究多因素對生存期的影響）及森林圖制作
LASSO回歸（聽說要用泰勒公式展開，先放著）
(還有很多可以做的，慢慢去開發(fā)）
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TCGA的用法：用于驗證自己的數(shù)據(jù)，或者做了數(shù)據(jù)挖掘后，進行臨床驗證，可以多組學、多平臺聯(lián)合分析。多讀文獻多開腦洞
聽說技能樹承包了你2020生物信息學文獻 https://mp.weixin.qq.com/s/7nvBDPZb2uGVglwJE7p_Rw
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數(shù)據(jù)權限： 3級、4級才能下載分析；1級、2級需要申請下載。
大家記得去掃視頻4：36 的二維碼 https://www.bilibili.com/video/av49363776?p=4
測序--比對（BWA)--去除重復---堿基校正---BAM---IGV可視化---QC---mutation（somatic--體細胞突變--僅存在于特定組織中，不遺傳給后代；germinal--種系突變--全身大部分細胞都突變，且可遺傳 ）---indels/purity（可下載作為數(shù)據(jù)校正）、ploidy/CNV/rearrangements(結構變異）----annotation
六種數(shù)據(jù)：外顯子、表達數(shù)據(jù)、甲基化、蛋白質、CNV、臨床信息、miRNA
網(wǎng)頁工具
GDC---目前TCGA的整合
cbioportal--按照文章來分
UCSC---可以用Python下載
FIREHOSE
oncolnc---看生存相關專用
gepia
tanric---lncRNA
TCIA---與TCGA配套的影像資料
ICGC---比TCGA更大
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GTEx: 可以與TCGA聯(lián)合做正常 對照組或eQTL的分析
203---Xena
不需要編程
關于篩選空白樣本（左側有黑色邊框即為保留的）
- 可以直接找文獻，官方也有幫助手冊https://cbiit.webex.com/recordingservice/sites/cbiit/recording/play/d5a83a983b924f3dabe053dce439f754
- https://docs.google.com/presentation/d/1J0cbcWLkf4zL3q9sOCU8tRg7nvjYqlySMurRTTtDCrg/edit#slide=id.g36b4f396f2_0_278
- https://docs.google.com/presentation/d/1rZaMmNbx3zZ21wnOudncWjV3Gt7buYFDYC5UjYxl_lo/edit#slide=id.g78f6768f9d_1_931
讀取數(shù)據(jù)出現(xiàn)空值要設置 fill=F,去除含空值數(shù)據(jù)：na.omit()，去除特定行的辦法如下
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firehose：http://gdac.broadinstitute.org/
(鑒于它數(shù)據(jù)更新的慢而且我已經(jīng)學會了GDC全套，所以各位看視頻吧)
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文章規(guī)律（還是那句話：多看文章，多開腦洞，讓技能樹的文獻推送承包你今年的文獻吧）
https://mp.weixin.qq.com/s/7nvBDPZb2uGVglwJE7p_Rw
第三章單獨寫一個
從未想到GDC下載到數(shù)據(jù)合并整理
整整讓我費了好久的腦子（大概是太久沒做了）
尤其是304節(jié)，我整整看了四五遍才大致理清楚要怎么做
結果：腦子：懂了沒，趕緊做；手：不，你不會。
