作者:Arno
審稿:童蒙
編輯:amethyst
今天給大家介紹一款可以用于編程和寫作的web集成的交互計算環(huán)境jupyter。作為一枚生物信息攻城獅,數(shù)據(jù)分析時經(jīng)常需要寫寫代碼和文檔,相信同行對jupyter都有所了解,或者非常熟悉。之前周圍小伙伴一直都在使用的是jupyter notebook,后來更新?lián)Q代到了jupyter lab。
jupyter lab包含了jupyter notebook的所有功能,并升級增加了很多功能。其支持python、R、java等多種編程語言及markdown、letex等寫作語言及公式輸入,可以集編程與寫作于一身,非常適合于代碼學習,筆記記錄、演示及教學等。jupyter lab相比notebook最大的更新是模塊化的界面,可以在同一個窗口以標簽的形式同時打開好幾個文檔,同時插件管理非常強大,使用起來要比jupyter notebook高大尚許多。如果還不了解jupyter lab的,就跟著小編一起學起來吧。
jupyter安裝及啟動
為了方便所有人使用,今天就主要跟大家介紹一下jupyter在Windows系統(tǒng)的安裝。jupyter的安裝,推薦大家直接下載Anaconda安裝使用。Anaconda集成了生物信息分析常使用的絕大部分的模塊包,包含了conda、Python、jupyter等180多個科學包及其依賴項。上手簡單,可以直接使用python中的各種類庫模塊等,基本不再需要額外的模塊包的安裝。
直接進入Anaconda的官網(wǎng),選擇對應(yīng)的版本(Windows_64-Bit/32-Bit)進行下載。軟件的安裝比較簡單,這里就不再進行演示了,安裝時建議大家放到純英文路徑下,且不要帶有空格等特殊符號,以免不方便使用。
安裝完Anaconda之后,jupyter notebook和jupyter lab便都可以使用了,大家可以在Anaconda安裝路徑的Scripts目錄下找到對應(yīng)的執(zhí)行程序,也可以在開始菜單中搜索找到。這里推薦大家使用cmd進行命令行使用jupyter lab(WIN+R打開運行輸入cmd即可進行命令行)。直接在命令行中輸入jupyter-lab即可直接啟動即可,如果想在特定目錄下運行,可以直接在后邊跟上目錄即可,注意目錄不要有空格等特殊符號。
## 默認路徑啟動
jupyter-lab
## 指定路徑啟動
jupyter-lab C:\Users\lenovo\Desktop\jupyter-test\Python
jupyter-lab功能介紹
啟動之后,就進入了jupyter-lab的模塊化管理界面,可以從管理界面選擇進行創(chuàng)建jupyter的ipynb文檔、純markdown文檔、txt文檔等,也可以直接打開python3的console執(zhí)行python的命令行,還可以直接啟動命令行終端(Terminal),執(zhí)行Windows命令行操作。
jupyter-lab內(nèi)嵌了ipython的內(nèi)核,添加了python3的控制端console,可以直接打開當做python3的idle來使用。還可以在編輯txt文本時,隨時創(chuàng)建console,非常方便的的運行文本文件中的任何代碼。
jupyter-lab可以直接寫markdown的文檔,并且可以邊撰寫邊預(yù)覽,使用起來還是比較方便的。另外還支持Excel、json、html、latex、pdf等類型的文件。
除此之外,jupyter-lab還可以直接打開Windows的Terminal終端,進行使用。在cmd的終端中輸入powershell,還可以打開win10自帶的linux子系統(tǒng),方便的使用linux系統(tǒng)。
當然最重要的,還是使用jupyter-lab編輯ipynb文檔, 可以以代碼單元格為單元運行,實時顯示中間過程及變量,非常方便的交互式使用。
jupyter-lab使用技巧
jupyter-lab的使用非常便捷,交互式的界面非常友好,再掌握一些常用的使用技巧之后就會非常高效。這里大致總結(jié)了技巧的幾個方向,感興趣的可以自己先去嘗試,后邊我們也會逐一去詳細介紹。
jupyter-lab拓展性非常強,目前有比較豐富的插件可供使用,比如代碼補全的插件、代碼調(diào)試器插件、github相關(guān)的插件、Excel相關(guān)的插件、畫圖相關(guān)的插件等等,安裝也非常的便捷。
jupyter-lab擁有魔法函數(shù),可以簡單的實現(xiàn)一些復雜的功能。如果要調(diào)用外部的python腳本、實時顯示python命令行的運行進度,運行時間等均可以使用魔法函數(shù)。
jupyter-lab快捷鍵,任何一個工具,能夠熟練的使用快捷鍵都會大大提高使用效率。jupyter-lab也設(shè)置了很多的快捷鍵,一些常用的還是很有必要用起來的。
jupyter-lab鏈接了很多軟件、模塊的官方使用文檔,可以在ipynb的文件窗口,查看點擊Help。可以看到鏈接了有包括Jupyter、Markdown、Python3在內(nèi)的十幾個官方使用文檔,方便大家查看學習。