Hello,各位小伙伴們,我是喵學姐,有段時間沒有推出生信之類的知識啦。沒錯,在今天的這期課程里,TCGA、GEO、PPI網(wǎng)絡、以及LASSO分析、機器學習模型等等,這些,我們…….都不講,咳咳…….
我們今天跟大家推出一個新的方向:網(wǎng)絡藥理學
網(wǎng)絡藥理學主要是干什么的了。大家先看下面這張圖。

各位小伙伴能看出是什么嗎?沒錯,通俗點講就是“牙箍”,專業(yè)點叫“托槽”。把它們固定到你的牙齒上,讓你那參差不齊的牙齒排排坐,就叫“口腔正畸”。
無論是左邊這種可見牙箍,還是右邊隱形的,都能夠讓你變得美美噠,向這個世界微笑。(是不是覺得下一秒喵學姐就要打廣告了?)

可是,在你看不見的地方,可能你的牙齒是…….下面這樣式兒的?。?!可能松動了,也可能….連牙根都看不見了…..

以上這種現(xiàn)象,叫做“牙根吸收”,正如字面意思,就是我們的牙根不見了。
牙根吸收是矯正牙齒或者口腔正畸過程中,很大程度無法避免的一個并發(fā)癥。
除了口腔正畸的原因,其他如牙髓炎、根尖周炎、外傷等原因,均可造成我們的牙根出現(xiàn)吸收現(xiàn)象。牙根吸收可能導致疼痛、萎縮和炎癥感染,嚴重者可使牙齒脫落??梢姡栏者€是很可怕的,所以平時就需要保護好我們的牙齒哦。
那這跟網(wǎng)絡藥理學有什么關系了?
當然有關系。如果我們平時能做一些措施,就能很好的預防牙根吸收;或者牙齒出現(xiàn)牙根吸收后及時治療,就能很好的保護好我們的牙齒。以免30歲的臉上、長著60歲的牙齒。你說是不是很有關系…..(喵學姐不允許你反駁)
這時候就要引出我們的主人公:網(wǎng)絡藥理學
顧名思義,網(wǎng)絡+藥理,不過網(wǎng)絡藥理學的研究是藥在前,網(wǎng)絡在后。
也就是說要先找到藥,才能構建一個網(wǎng)絡。
找什么藥了?當然是找出可能治療牙根吸收的藥啦。西藥也好,中成藥也好,總之就是找到就行。中國文化博大精深,相信我們找個中成藥,應該不是難事。
網(wǎng)絡藥理學元素:
接下來就需要欣賞下面這個圖,這就是網(wǎng)絡圖,以喵學姐的審美,只能畫成這樣啦…

元素重點介紹:
首先喵學姐找到了一個可能治療牙根吸收的中成藥:紅花。
藍色的模塊,是按照口服生物利用度和類藥性,篩出的紅花里有效的一些活性成分。中成藥包含少則幾種,多則幾十、上百種的活性成分。因此我們首先需要篩選出最有可能發(fā)揮功效的那些成分,一般根據(jù)口服利用度≥30%、類藥性原則≥0.18進行篩選??梢钥闯?,上圖中主要有2個成分,與網(wǎng)絡中的其他元素關聯(lián)線更多。
中間部分的綠色模塊基因是這些活性成分可能作用的靶點,也就是說,這些成分可能通過調控這些基因,而發(fā)揮作用。活性成分的作用靶點有很多,成百上千,但并不是每一個靶點都有作用價值,因此需要通過各種方法進一步篩選、過濾無效基因。
此外,喵學姐也查找了跟牙根吸收相關的標志物。進一步從牙根吸收相關的標志物中,篩選出與活性成分靶點一致的標志物。通過一系列過濾方法,最終篩選出上述綠色模塊中的23個基因。
進一步,通過通路分析,預測到23個共同的標志物可能參與的信號通路為Th細胞分化。
而圖中所示的紅色圈中的4個綠色模塊基因,為最終確定的:即與活性成分有關、又與疾病相關、又與通路相關的最重要標志物。
因此,通過此網(wǎng)絡,我們可以推測:紅花可能主要通過2個有效成分,調控4個基因,通過參與Th細胞分化,最終達到抑制牙根吸收的目的。
喵學姐過后經(jīng)過文獻調研,證實上述推測可成立。Th細胞分化與形成增多,可通過促進破骨細胞分化、而促進牙根吸收的目的。因此我們后續(xù)可以通過分子實驗進一步按照此機制路線進行驗證。
綜上可看出網(wǎng)絡藥理學大致分為如下幾步:


網(wǎng)絡藥理學,相比于生信分析,在復雜性、入門難度等方面,可接受性比較好。網(wǎng)絡藥理學,重在揭示藥物治療疾病的機制探索。
網(wǎng)絡藥理學不僅適合于腫瘤類疾病,也同樣適合非腫瘤疾病的分析。不僅可分析西藥,也可分析中成藥。網(wǎng)絡藥理學,在進行腫瘤類疾病的生信分析時也可適當引入,豐富研究內容。是時候看下網(wǎng)絡藥理學的文獻啦,為自己的知識儲備庫添磚加瓦。