用CAFE做基因家族收縮擴(kuò)張

以下基于cafe 5版本
cafe5以前的版本，都需要寫cafe.script,更麻煩，推薦版本5.
常用的cafe參數(shù)為

cafe -i infile -t tree.file -o output_prefix -l fixed_lambda -P pvalue

  1. input文件使用之前做的orthofinder得到的Orthogroups.GeneCount.tsv

  2. 樹文件，一般都是自己寫
    根據(jù)分歧時(shí)間的FigTree.tre文件改寫
    格式參照cafe說明書
    需注意，樹需要為超度量樹

3.pvalue默認(rèn)0.05

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