論文

Graph pangenome captures missing heritability and empowers tomato breeding

https://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9#MOESM8

沒有找到論文里的作圖的代碼，但是找到了部分組圖數(shù)據(jù)，我們可以用論文中提供的原始數(shù)據(jù)模仿出論文中的圖

今天的推文重復(fù)一下論文中的 Extended Data Fig7a

image.png

部分示例數(shù)據(jù)截圖

image.png

將數(shù)據(jù)整理成作圖需要的格式

library(tidyverse)
table(dat01$type)

dat01 %>% 
  filter(type=="cis_gwas") -> dat01.gwas

dim(dat01.gwas)

dat01 %>% 
  filter(type == "cis_local") -> dat01.local

dim(dat01.local)

left_join(dat01.gwas,dat01.local,by="ID") -> dat

作圖代碼

這里沒有搞清楚他用來映射顏色的數(shù)據(jù)是什么，這里我就直接用x軸的數(shù)據(jù)映射顏色了

library(ggplot2)
library(paletteer)
library(latex2exp)

help(package="latex2exp")

ggplot(data=dat,aes(x=h2.x,y=h2.y))+
  geom_point(aes(color=h2.x))+
  scale_color_paletteer_c(palette="ggthemes::Blue-Green Sequential",
                          direction = -1,
                          name="n neighbours")+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        legend.position = c(0.8,0.2))+
  geom_abline(slope = 1,intercept = 0,lty="dashed")+
  scale_x_continuous(limits = c(0,1),
                     breaks = seq(0,1,by=0.25))+
  scale_y_continuous(limits = c(0,1),
                     breaks = seq(0,1,by=0.25))+
  labs(x=TeX(r"(\textit{h}$^2$ {(\textit{cis})} { GWAS})"),
       y=TeX(r"(\textit{h}$^2$ {(\textit{cis})} { local})"))

image.png

今天的推文沒啥新知識(shí)點(diǎn)，熟悉下ggplot2的基本語法，熟悉下latex2exp這個(gè)R包用來添加文本的語法

拼圖

library(patchwork)
p+
  scale_color_paletteer_c("ggthemes::Red-Green Diverging",
                          direction = -1) +
  p

image.png

示例數(shù)據(jù)和代碼可以自己到論文中獲取，或者給本篇推文點(diǎn)贊，點(diǎn)擊在看，然后留言獲取

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