TCGA蛋白數(shù)據(jù)挖掘神器來了
作者：白介素2
TCGA的神器這么多，據(jù)白介素同學(xué)所知，能夠做 TCGA蛋白數(shù)據(jù)挖掘目前寥寥無幾，好用的暫時木有發(fā)現(xiàn)，原因是啥，也不清楚。最近出了一個網(wǎng)頁版 TCGA蛋白數(shù)據(jù)挖掘神器，下面來看下，有啥功能：
假設(shè)你對某個蛋白感興趣
發(fā)表級圖片，可供下載，直接放到Paper里的
廣而告之
說一個事，鑒于簡書平臺在信息傳播方面有不足之處，應(yīng)粉絲要求，白介素2的個人微信平臺已經(jīng)開啟，繼續(xù)聊臨床與科研的故事，R語言，數(shù)據(jù)挖掘，文獻(xiàn)閱讀等內(nèi)容。當(dāng)然也不要期望過高，微信平臺目前的定位是作為自己的讀書筆記，如果對大家有幫助最好。如果感興趣， 可以掃碼關(guān)注下。
查看某種腫瘤中與預(yù)后相關(guān)的蛋白，當(dāng)然啦，僅限于 TCGA的蛋白數(shù)據(jù)，已火山圖的形式展示：
第三種應(yīng)用功能：想了解一下某個蛋白在各種腫瘤中的預(yù)后情況，同樣以火山圖的形式展示，可以直觀的看到某個感興趣的蛋白的預(yù)后情況，與哪幾種腫瘤相關(guān)呢？比如下面這張圖，展示的是 這個蛋白與 ACC和PRAD這兩種腫瘤預(yù)后關(guān)系最明顯，橫軸表示的是 log HR，縱軸表示 -log10(pvalue)
同樣的有柱狀圖展示：
補充一下，這個神器能完成各種臨床參數(shù)的選擇，還能選擇 OS， DFS等，可交互式調(diào)節(jié) lable。 要說有沒有缺點？
唯一的缺點，就是速度比較感人。
但是功能強大，堪稱神器，TCGA蛋白數(shù)據(jù)挖掘，就交給這個神器吧
另外聊一下這個神器的背景，2018年發(fā)表在 F1000Research上，去年10月經(jīng)過了revise，現(xiàn)在是第二版。
今天就聊到這吧，還不快去試試看！白介素同學(xué)祝大家學(xué)習(xí)愉快！
神器網(wǎng)址：
https://nborcherding.shinyapps.io/TRGAted/
參考文獻(xiàn)：
https://f1000research.com/articles/7-1235/v2
