第1篇
發(fā)在Journal of Translational Medicine（4分）。
原文：Circular RNA regulatory network reveals cell–cell crosstalk in acute myeloid leukemia extramedullary infiltration
解讀：生信SCI如何入門火爆的環(huán)狀RNA領域
1、環(huán)狀RNA的差異分析火山圖和聚類圖。根據(jù)差異分析，再加入正常人的對比信息（見韋恩圖旁邊的標注），找到了82個上調(diào)以及27個下調(diào)的環(huán)狀RNA分子，并繪制了熱圖（為什么需要正常人信息？為什么不是直接的兩種AML的對比）。
2、基因表達的差異分析：663個上調(diào)基因以及838個下調(diào)基因。并進行功能注釋GO、KEGG（很常規(guī)）。得到的通路中，作者說有4個是之前報道過的（EMI與微環(huán)境之間關系的報道），這4個通路后續(xù)分析中會用到。
4、作者根據(jù)ceRNA機制，預測了可與篩選的差異環(huán)狀RNA分子結合的潛在miRNA(用miRanda工具預測)，同時作者預測了這些miRNA下游的靶基因（也就是說由此將環(huán)狀RNA與基因映射起來了，用于后續(xù)分析），建立了circRNA/miRNA/mRNA調(diào)控網(wǎng)絡。這個有點意思。
5、根據(jù)環(huán)狀RNA與基因的映射關系，將環(huán)狀RNA聯(lián)系到通路上（4個通路），對這些通路的環(huán)狀RNA取交集（所謂“kernel” circRNA），得到17個環(huán)狀RNA。
6、作者開始分析這些環(huán)狀RNA分子的反應元件（包括RBP，MRE以及ORF框），并繪制了相應的圈圖。文章只呈現(xiàn)了9個圈圖，因為另外8個環(huán)狀RNA不在數(shù)據(jù)庫中。
除此之外，作者還挑選了自己感興趣的環(huán)狀RNA分子進行了表達量驗證。
7、作者預測了17個環(huán)狀RNA分子的預后作用。如何實現(xiàn)？通過預測被這17個環(huán)狀RNA分子靶向的基因在急性白血病患者中的預后作用。自己下載TCGA的數(shù)據(jù)做預后分析（這里也可以用數(shù)據(jù)庫替代，例如GEPIA和UALCAN等）。
8、作者還用CMAP工具（https://portals.broadinstitute.org）預測可能在白血病中具有抗腫瘤作用的3種生物活性物質：LY-294002,trichostatin A(TSA)和SB-202190（預測是基于之前構建的circRNA/miRNA/mRNA實現(xiàn)）。
第2篇
“假基因”的研究，發(fā)在 Epigenomics （5分）。
假基因，也稱偽基因，是基因進化過程中的不具有編碼功能的殘留物。它是最早在研究非洲爪蟾過程中發(fā)現(xiàn)的。它與正?；蚍浅Ｏ嗨?，但不具有正?；虻墓δ堋＝陙硌芯堪l(fā)現(xiàn)，假基因的異常調(diào)節(jié)會導致多種疾病的發(fā)生和進展，這其中就包括了惡性腫瘤。假基因轉錄形成的RNA也是非編碼RNA（miRNA, lncRNA, circRNA）中的一種。
原文：Integrated analysis of pseudogene RP11-564D11.3 expression and its potential roles in hepatocellular carcinoma
解讀：基因還有“假”的！然后5分的SCI就這么到手啦
這里不再贅述了，直接讀讀上述解讀鏈接的內(nèi)容吧。
其中，比較套路的是：
1、作者如何篩選到那個要研究的假基因RP11-564D11.3：3種癌癥中差異分析初篩、多種癌癥驗證篩選、生存分析篩選，然后就只剩一個共同的了。
2、假基因-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡的構建，這是非編碼RNA的基本套路，Cytoscape分析。
3、功能富集分析：此處不是常規(guī)的分析方法，用到了Cytoscape的插件ClueGo。但我更關心的是，這里的富集分析是基于什么？直接用假基因RP11-564D11.3？還是用上述網(wǎng)絡得到的潛在靶向基因？還是用上述建立的網(wǎng)絡？不太明白，文中也沒詳述。個人對富集分析的理解還是要有一堆基因才能做。
4、PPI分析：根據(jù)node degree篩選其中的hub基因（STRING和Cytoscape分析）。之后可以從hub基因中篩選與預后相關的基因。
5、如何得到假基因下游的關鍵靶點基因VEGFA：先選定最有可能分析出結果的癌種，然后再這個癌種里進行基因的預后分析，只有VEGFA提示預后不良且具有統(tǒng)計學意義。
文章的結論是：VEGFA是假基因RP11-564D11.3下游的一個靶點。
