單細(xì)胞分析實(shí)錄(17): 非負(fù)矩陣分解(NMF)代碼演示

本次演示使用的數(shù)據(jù)來(lái)自2017年發(fā)表于Cell的頭頸鱗癌單細(xì)胞文章:Single-Cell Transcriptomic Analysis of Primary and Metastatic Tumor Ecosystems in Head and Neck Cancer。本次演示提供處理好的測(cè)試數(shù)據(jù),以及所有代碼,一共6個(gè)腳本(我目前寫(xiě)得最詳細(xì)的教程,也是全網(wǎng)少有的)。

數(shù)據(jù)的預(yù)處理就不演示了,預(yù)處理的代碼存放在0.pre.R文件中。
以下是腫瘤細(xì)胞tsne圖和原圖的對(duì)比,和原文一致,說(shuō)明前面的數(shù)據(jù)提取及處理是沒(méi)有問(wèn)題的。

最終的效果圖如下:

在準(zhǔn)備好數(shù)據(jù)之后,就可以開(kāi)始NMF分析了。

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