進(jìn)化樹加多序列比對(duì)結(jié)果可視化 | ggtree

首先利用mega進(jìn)行多序列（clustalw）比對(duì)然后用最大似然法建樹
樹文件另存為*.nwk
clustalw結(jié)果另存為fas結(jié)尾的fasta格式文件

利用ggtree進(jìn)行可視化

library(ggtree)
tree <- read.tree("tree.nwk") # 讀入樹文件
p1 <- ggtree(tree) +
    geom_tiplab(size = 4) + # 加物種名稱
    geom_treescale(fontsize=4, linesize=0.5) + # 加標(biāo)尺
    geom_nodelab() + # 加bootstrap值
    xlim(0,15) #物種名字太長，調(diào)整x軸范圍至完全顯示
p1

msaplot(p1, "clustalw.fas",
        offset = 4)

msaplot(p1, "clustalw.fas",
        offset = 4,
        window = c(100, 120)) # window指定可視化范圍，即序列長度范圍
image.png

image.png

這里蛋白序列，種類比較多，所以不如核酸序列信息簡潔明了。

其實(shí)真想看保守序列還是把多序列比對(duì)后的結(jié)果上傳到espript3上吧，結(jié)果清晰明了

image.png

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