使用Ensembl查找基因啟動子序列

?Ensembl

http://www.ensembl.org/index.html

1.選擇物種,搜索基因。


2.點擊進入基因的summary頁面。

3.點擊左側(cè)sequence,得到序列信息。


4.橘色背景紅色字體序列為exon區(qū)域,第一個外顯子前邊的序列即為promoter序列,默認(rèn)設(shè)置為600bp。????????


5.若想獲取更長的promoter序列,點擊左側(cè)“Configure this page”重新配置。


6.修改5' Flanking sequence (upstream),例如修改為1000,保存并關(guān)閉,即可得到更新后1000bp的promoter序列。

7.在UCSC中核實(Ensembl和UCSC注釋之間就TSS的識別可能存在差異)。復(fù)制啟動子序列,在UCSC進行blat,點擊第一條的browser進入基因組瀏覽界面,zoom out 3X,查看頁面確保啟動子序列符合UCSC注釋(輸入的序列在目標(biāo)基因的第一個exon之前,序列區(qū)域內(nèi)有CpG島)。

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