如何安裝linux軟件
思維導圖
一、Linux的應用商店：conda
閱讀了生信星球的關(guān)于conda的文章，我了解到conda是一個開源的軟件包管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng)，相當于app store，可以下載大部分linux需要安裝的軟件，一鍵安裝，非常方便。日常的生信使用miniconda即可。
二、下載miniconda
登陸服務器后，用uname -a命令查看服務器是多少位的，去清華的conda鏡像網(wǎng)站(https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/），選擇自己所需的版本。我選擇的是Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh版本，右鍵復制此版本的鏈接。
進入biosoft目錄，wget 剛才復制的鏈接 即可下載。
三、安裝miniconda
1、下載完成后，輸入bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh開始安裝。
按回車鍵跳過版權(quán)信息，出現(xiàn)Do you accept the license terms? [yes|no]后輸入yes，接下來一路輸入enter或者yes，直至出現(xiàn)Thank you for installing miniconda3!后，說明安裝成功。
2、安裝完成后還需激活，輸入source ~/.bashrc后將出現(xiàn)滿屏的信息，表明激活成功。
3、添加鏡像
配置鏡像可以加快下載速度。輸入以下4行命令，回車
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
至此我們的準備工作就緒了。
三、如何使用conda
1、conda list：可以查看當前服務器上安裝的所有軟件列表
2、conda search fastqc：查看conda軟件
fastqc是一款可以對測序數(shù)據(jù)進行質(zhì)量評估的軟件
3、conda install fastqc -y：安裝fastqc軟件（-y表示對接下來的所有問題都回答yes）
4、conda remove fastqc -y：卸載fastqc軟件
四、conda環(huán)境：conda environment
由于我們在生信實戰(zhàn)中會創(chuàng)建不同的項目，每個項目之間需要用到的軟件以及軟件的版本號也都是不同的，因此為了方便管理，我們會創(chuàng)建不同的conda環(huán)境，在不同的環(huán)境中安裝不同的軟件。
1、conda info --envs：查看conda的環(huán)境
目前我們只有一個conda環(huán)境,其中*表示為默認的conda環(huán)境。
2、建立conda環(huán)境：
假設我們要建立處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，建立一個名為rnaseq的conda環(huán)境，我們制定python版本是3，并且安裝fastqc、trimmomatic軟件。我們用到的命令為conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y。
3、激活新的conda環(huán)境：
我們再次用conda info --envs查看conda環(huán)境，發(fā)現(xiàn)我們此時已有兩個conda環(huán)境，但是默認的還是base，我們可以用conda activate rna-seq來激活新的conda環(huán)境。
激活后，用戶名root前面出現(xiàn)了（rna-seq），試著輸入
fastqc，如果出現(xiàn)一大段信息，表明這個軟件可以使用。
4、conda deactivate：退出當前conda環(huán)境
