講一講孟德爾隨機化分析中的敏感性分析(sensitivity analyses)

很多人問過我敏感性分析的問題,說明大家對敏感性分析普遍是有疑問的,我之前的推文中也沒有詳細的講過,因此決定寫這一篇補充一下敏感性分析的工作。

什么是敏感性分析

敏感性分析定義:敏感度分析是研究數(shù)學模型或系統(tǒng)(數(shù)值或其他)輸出中的不確定性如何在其輸入中被分配到不同的不確定性來源 ——摘自維基百科。

我知道這段拗口的定義讓人看了,感覺跟沒看一樣。

所有的文字都認識,但是連起來就讀不懂是什么意思了。

所以我直白的翻譯一下,敏感性分析就是通過一些手段鑒定結果是否靠譜的一項分析。

為什么要進行敏感性分析

前面回答了敏感性分析的定義,顯而易見,它的作用包括以下三項:

1)評估結果是否穩(wěn)健,結論是否靠譜;

2)評估結果是否有潛在的偏倚(比如基因多效性,數(shù)據(jù)異質(zhì)性);

3)評估是否存在某一個工具變量嚴重影響結局變量;

敏感性分析包括什么

廣義的敏感性分析包括以下三項:

1)基因多效性檢驗;

2)異質(zhì)性檢驗;

3)“l(fā)eave-one-out”法;

俠義的敏感性分析指的是“l(fā)eave-one-out”法。

現(xiàn)在大多數(shù)的孟德爾隨機化研究提到敏感性分析的時候指的是“l(fā)eave-one-out”法。

基因多效性和異質(zhì)性檢驗會單獨拎出來講。

敏感性分析的結果怎么看

1)基因多效性檢驗;

關于基因多效性的文章我之前有講過,見推文使用MR-PRESSO檢驗水平基因多效性(孟德爾隨機化分析)。

我這里就不再贅述了。

2)異質(zhì)性檢驗;

來自不同的分析平臺、實驗、人群等的工具變量(IV,一般指SNP)可能存在異質(zhì)性,最終影響結果。

異質(zhì)性檢驗我之前也寫過的,見推文有相關性就有因果關系嗎,教你玩轉(zhuǎn)孟德爾隨機化分析

命令很簡單,就一句mr_heterogeneity(dat)

異質(zhì)性檢驗的結果看P值,P值大于0.05說明納入的 IVs 不存在異質(zhì)性,研究結果不需要考慮異質(zhì)性造成的影響。

3)“l(fā)eave-one-out”法;

“l(fā)eave-one-out”法指的是逐步剔除每個SNP,計算剩余SNP的meta效應,觀察剔除每個SNP后結果是否發(fā)生變化,如果剔除了某一個SNP后,結果改變很大,說明存在某一個SNP對結果影響很大,這是我們不愿意看到的情況。

理想的情況應該是逐步剔除某個SNP后結果變化不大。

如下圖所示,剔除每個SNP后,總體的誤差線變化不大(所有的誤差線均在0的右側或者所有的誤差線在0的左側),說明結果是靠譜的。

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這期就講到這啦,如果你有什么疑問,歡迎進群交流(見公眾號菜單欄)或者向我提問,我會結合大家的需求考慮是否發(fā)推文統(tǒng)一解答。

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