參考：

嘉因生物講座視頻：CUT&Tag 技術(shù)解析和應(yīng)用

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• ChIP-seq 需要的數(shù)據(jù)量很大：
  組蛋白：10M; TF： > 50 M

• 交聯(lián) ： 可能改變抗原表位，影響抗體結(jié)合

  
  
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• CUT&RUN 在活細(xì)胞中操作；細(xì)胞質(zhì)量好，不需要交聯(lián)。

• CUT&Tag 使用Tn5 替代Mnase,也是活細(xì)胞操作。ConA beads 有一個(gè)刀豆蛋白，抗原結(jié)合糖蛋白。增加選擇透過(guò)性，是一抗和二抗進(jìn)入細(xì)胞，PA蛋白可以結(jié)合一抗或者二抗 對(duì)信號(hào)進(jìn)行放大。

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• Tn5 可以完成切割，加上所攜帶保守序列。后續(xù)進(jìn)行PCR 完成接頭步驟。但不會(huì)切割核小體，插入序列序列長(zhǎng)度存在周期性。

  
  
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• 后面的protocol 說(shuō)可以支持細(xì)胞核操作，提高了實(shí)用性。對(duì)冰凍組織提取了細(xì)胞核，也可以進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，不需要活細(xì)胞。

  
  
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• CUT&Tag 分辨率最高；50M ChIP-seq 效果幾乎等于8M CUT&Tag 效果。

• 說(shuō)明CUT&Tag 可以研究組蛋白修飾，并且數(shù)據(jù)質(zhì)量很好。

  
  
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• CUT&Tag 生物學(xué)重復(fù)比較好，大約0.8.

• 相同的數(shù)據(jù)量，CUT&Tag 靈敏度更高。

  
  
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• CUT&Tag 運(yùn)用于轉(zhuǎn)錄因子

  
  
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• 技術(shù)對(duì)比：細(xì)胞量更少

  
  
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• 片段長(zhǎng)度周期性：通過(guò)實(shí)驗(yàn)來(lái)看組蛋白周期性更加明顯；轉(zhuǎn)錄因子不太明顯。

  
  
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• 通過(guò)分析，可以看片段長(zhǎng)度分布圖，都是周期性分布.

  
  
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• peak 在功能區(qū)域占比：好數(shù)據(jù)在啟動(dòng)子比較多

  
  
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• TSS區(qū)域富集

  
  
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• IGV來(lái)查看，背景很低

  
  
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• 如果研究轉(zhuǎn)錄因子，可以研究轉(zhuǎn)錄因子富集情況。

  
  
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• 細(xì)胞核提取方法，獲得的結(jié)果

  
  
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