day3-linux環(huán)境下的軟件安裝

（以conda為例）

conda介紹

conda是最方便快捷的軟件下載器，相當(dāng)于App Store，90%以上的軟件都可以在上面搜到，安裝。日常生信使用Miniconda就可以了。

如何將miniconda下載到服務(wù)器上

谷歌（百度）搜索"miniconda清華（清華的conda鏡像網(wǎng)站）"

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登錄服務(wù)器
cd ~/biosoft
wget + 鏈接
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
sh是腳本（就是一個程序的代碼）文件的后綴，即使一個下載的腳本

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怎么安裝miniconda

（如果進行下去，失敗了，需要從這里重來）
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
然后就開始了安裝過程，中間按回車跳過版權(quán)信息

當(dāng)看見一行“Do you accept the license terms?[yes|no]”說明安裝要開始了【程序讓你enter就enter,讓你yes就yes】

安裝成功

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source ~/.bashrc 激活conda
命令行輸入conda，出現(xiàn)滿屏信息說明成功了
如果報錯，說明source ~/.bashrc 命令執(zhí)行出現(xiàn)問題

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添加鏡像

所謂鏡像網(wǎng)站，相當(dāng)于主網(wǎng)站的副本，conda在國外，我們在國內(nèi)下載軟件的速度就會很慢，因此配置鏡像，從鏡像網(wǎng)站下載，可以加快下載速度。

#使用中科大的鏡像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

1.查看當(dāng)前服務(wù)器上安裝的所有軟件功能列表
conda list

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2.安裝軟件conda install fastqc -y
【-y 是yes，安裝過程中conda問你的問題全部回答yes】

默認安裝最新版本，但是有的軟件最新版本bug比較多，可能需要用到老版本。如果要指定版本，可以 conda install fastqc=0.11.7 -y

3.確認fastqc軟件是否安裝成功
輸入fastqc --help，如果出現(xiàn)一大片文字（軟件的幫助文檔），則安裝成功（只有安裝成功的軟件 才能看見它的幫助文檔）

4.卸載軟件

conda remove fastqc -y

conda環(huán)境

·查看當(dāng)前conda環(huán)境
conda info --envs

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案例：創(chuàng)建一個名叫rnaseq的conda環(huán)境，然后指定Python版本是3
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

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