學(xué)習(xí)教程來源于《手把手教你GEO數(shù)據(jù)庫差異基因分析》

本次學(xué)習(xí)筆記內(nèi)容為通過GEO2R在線工具進(jìn)行差異基因分析

通過了解，個(gè)人覺得這個(gè)方法相比R語言的優(yōu)勢(shì)是更普適性，以及更加“傻瓜”，方便學(xué)不明白R(shí)語言的同學(xué)。

第一步：同R語言，找到相關(guān)的數(shù)據(jù)集

第二步：點(diǎn)進(jìn)頁面詳情，進(jìn)行GEO2R在線分析

第三步：選擇分組信息，點(diǎn)擊分析

第四步：下載數(shù)據(jù)，得到差異基因數(shù)據(jù)集，如果僅得到差異基因即可，可不進(jìn)行后續(xù)操作。

第五步：下載基因表達(dá)矩陣，查看矩陣信息，打開文檔，將多余信息刪除，留下geneid和各樣本表達(dá)量

第六步：通過excel可以篩選logFC>1或者<-1得基因，并可以篩選P<0.05得基因，本步可將無名字得基因數(shù)據(jù)篩出后刪除，清除無效信息即重復(fù)信息

第七步：重點(diǎn) 用excel打開數(shù)據(jù)，將差異基因得geneid和genesymbol復(fù)制粘貼于表達(dá)矩陣得excel中，通過=vlookup(“geneid那列”2,$A$2:$$表達(dá)量得最后一列$樣本量，2，F(xiàn)ALSE)#這個(gè)命令就是通過將表達(dá)矩陣中得geneid與差異基因中得geneid匹配，進(jìn)而將genesymbol與樣本表達(dá)量匹配起來，得到數(shù)值后下拉全部框自動(dòng)充填，同一方法重復(fù)全部樣本。就此得到與genesymbol匹配得表達(dá)矩陣。#這個(gè)方法相比R語言更加好懂，更普適，但麻煩得多，適合剛開始接觸得同學(xué)，有追求得同學(xué)可以去嘗試R語言，更加方便。