轉(zhuǎn)錄組系統(tǒng)進(jìn)化分析

  1. trim_galore雙端數(shù)據(jù)過濾
    nohup trim_galore -q 20 --phred33 --stringency 3 --length 20 -e 0.1 --paired JS2-10_R1.fastq.gz JS2-10_R2.fastq.gz &

2.Trinitry 無(wú)參組裝
nohup Trinity --seqType fq --max_memory 200G --left TGJ003_FRAS210089984-2r_1.clean.fq.gz --right TGJ003_FRAS210089984-2r_2.clean.fq.gz --CPU 25 > myout.file 2>&1 & 正反測(cè)序序列組裝，
3.cd-hit 去冗余
nohup cd-hit-est -i TF05_Trinity.fasta -o TF05_Trinity_cd.fasta -c 0.95 -n 10 -d 0 -T 20 -M 200000 > myout.file 2>&1 &

4.TransDecoder 預(yù)測(cè)
TransDecoder.LongOrfs -t target_transcripts.fasta
TransDecoder.Predict -t target_transcripts.fasta
4.1替換TRINITY名字為物種名字
sed -i s/TRINITY/TFY02/g `grep TRINITY -rl --include="TFY02_Trinity.cd.fasta.transdecoder.cds" ./

4.trinity自帶腳本獲取最長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本
perl /datapool/miniconda3/pkgs/trinity-2.8.5-h8b12597_5/opt/trinity-2.8.5/util/misc/get_longest_isoform_seq_per_trinity_gene.pl ../03.trinity/SRS7102777_trinity.Trinity.fasta > 168_trinity_longest.fasta

最后編輯于 ：
?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請(qǐng)聯(lián)系作者
【社區(qū)內(nèi)容提示】社區(qū)部分內(nèi)容疑似由AI輔助生成，瀏覽時(shí)請(qǐng)結(jié)合常識(shí)與多方信息審慎甄別。
平臺(tái)聲明：文章內(nèi)容（如有圖片或視頻亦包括在內(nèi)）由作者上傳并發(fā)布，文章內(nèi)容僅代表作者本人觀點(diǎn)，簡(jiǎn)書系信息發(fā)布平臺(tái)，僅提供信息存儲(chǔ)服務(wù)。

友情鏈接更多精彩內(nèi)容