一鍵解決不同物種間的直系同源基因的轉(zhuǎn)換
今天推薦一個(gè)數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站，可以直接在網(wǎng)站上進(jìn)行轉(zhuǎn)換，比如我們就知道果蠅這個(gè)物種，他們自己的名字名命就是和別的物種不一樣，總有一些自己的叫法，讓你不知道這個(gè)基因到底在人類啊，小鼠當(dāng)中究竟是什么基因。一個(gè)一個(gè)的查非常的麻煩，這里提供一個(gè)可以提供gene list就直接轉(zhuǎn)換的網(wǎng)站。
DIOPT數(shù)據(jù)庫
直接給出數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)址DIOPOT，目前已經(jīng)更新到了version9。
https://www.flyrnai.org/cgi-bin/DRSC_orthologs.pl
該數(shù)據(jù)庫最早是在2011年發(fā)表在BMC bioinformatics上面。
Hu, Y., Flockhart, I., Vinayagam, A. et al. An integrative approach to ortholog prediction for disease-focused and other functional studies. BMC Bioinformatics 12, 357 (2011). https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-357
使用方法非常簡單：
選擇輸入的物種
選擇要得到的物種，或者選擇all，數(shù)據(jù)庫中包含的所有的物種的
輸入你的基因的名字或者上傳你的gene list（你能想到的一切都可以，uniprot id, ENSEMBL ID等常用的都可以）
選擇你想要的比對的方法的來源
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一些額外的篩選閾值（不是必須的）
DIOPT使用截圖.png -
點(diǎn)擊提交獲得結(jié)果，可以在結(jié)果種直接選擇Best Predicted Ortholog以獲得單一的結(jié)果展示
DIOPT結(jié)果展示.png
如果還是不會(huì)用，他們團(tuán)隊(duì)還在網(wǎng)站上放了使用的教程。
作者團(tuán)隊(duì)主要想解決的問題
物種間直系同源基因的作圖在功能基因組學(xué)中發(fā)揮著重要作用，研究人員可以根據(jù)已知的其他物種中直向同源基因的功能，提出有關(guān)一個(gè)物種中基因功能的假設(shè)。有幾種預(yù)測直系同源基因關(guān)系的工具可用。然而，這些工具可能會(huì)給出不同的結(jié)果，并且預(yù)測直系同源物的識(shí)別并不總是那么簡單。
分析果蠅 RNAi 篩選中心 (DRSC) 篩選結(jié)果的研究人員經(jīng)常希望識(shí)別在篩選中“命中”（陽性結(jié)果）的果蠅基因的哺乳動(dòng)物直向同源物。
作者團(tuán)隊(duì)開發(fā)的DIOPT 整合了現(xiàn)有方法，有助于快速鑒定人類、小鼠、斑馬魚、線蟲、果蠅和釀酒酵母之間的直系同源物。
并且目前截止到了最新的第九版的更新中，還額外的加入了岡比亞按蚊Mosquito (Anopheles gambiae)，大腸桿菌 （E. coli），線蟲（Caenorhabditis elegans），擬南芥（Arabidopsis thaliana），裂殖酵母（Schizosaccharomyces pombe），非洲爪蟾（Xenopus laevis）等共12種物種之間的直系同源基因之間的轉(zhuǎn)換。
已經(jīng)出現(xiàn)了許多工具來滿足識(shí)別直系同源物的需要。然而，這些工具的低覆蓋率和異質(zhì)性給科學(xué)家們帶來了障礙，他們想要識(shí)別給定感興趣基因的一個(gè)或幾個(gè)最高置信度的直系同源物，或者相反，想要撒下廣泛的網(wǎng)絡(luò)并跟進(jìn)所有可能的直系同源物，一個(gè)基因。
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DIOPT的目標(biāo)是提供易于使用的資源，以促進(jìn)總結(jié)、比較和訪問各種直向同源預(yù)測來源。DIOPT 集成了 Ensembl Compara、HomoloGene、Inparanoid、Isobase、OMA、orthoMCL、Phylome、RoundUp 和 TreeFam 數(shù)據(jù)庫內(nèi)的直系同源預(yù)測。DIOPT 使用戶可以找到由一種、多種或所有這些已發(fā)表方法鑒定的指定基因或基因的直系同源對。這提供了一種簡化的方法，用于集成、比較和訪問源自基于序列同源性、系統(tǒng)發(fā)育樹和功能相似性的算法的直系同源預(yù)測。DIOPT 計(jì)算一個(gè)簡單的分?jǐn)?shù)，指示支持給定直系同源基因?qū)﹃P(guān)系的工具數(shù)量，以及基于功能評(píng)估的加權(quán)分?jǐn)?shù)，使用每個(gè)工具預(yù)測的所有果蠅-人類直系同源對的高質(zhì)量 GO 分子功能注釋。每種工具用于預(yù)測同源關(guān)系的算法的差異是一種工具與另一種工具做出的一組預(yù)測存在差異的根源之一。
其實(shí)如果熟悉orgdb的同學(xué)們，看到這里肯定已經(jīng)想到了可以使用bitr在不同的數(shù)據(jù)庫之間進(jìn)行轉(zhuǎn)換，但是bitr只能提供從一個(gè)數(shù)據(jù)庫的名字轉(zhuǎn)移到另一個(gè)數(shù)據(jù)庫的名字的方式，并不能像DIOPT一樣提供多個(gè)數(shù)據(jù)庫之間的相互轉(zhuǎn)換，我個(gè)人也覺得這個(gè)是這個(gè)數(shù)據(jù)庫最厲害的點(diǎn)，而且對于 wet lab的同學(xué)們更加的友好。
- DIOPT 還顯示預(yù)測的直系同源對的蛋白質(zhì)和結(jié)構(gòu)域比對，包括氨基酸同一性百分比。這些應(yīng)該可以幫助您在多個(gè)可能的直向同源物中識(shí)別最合適的匹配。
一些自己的想法
之前做轉(zhuǎn)錄因子名稱轉(zhuǎn)換的時(shí)候（JASPAR得到的果蠅的想轉(zhuǎn)人的），想了挺多的方法感覺轉(zhuǎn)化的效率都不高。也嘗試過bitr的方式，但是總是會(huì)損失，最后擱置了一段時(shí)間以后，突然發(fā)現(xiàn)了這個(gè)網(wǎng)站，其實(shí)早就應(yīng)該想到有人會(huì)做這種網(wǎng)站的開發(fā)，果不其然也是負(fù)責(zé)flybase的團(tuán)隊(duì)的人開發(fā)的，但是那個(gè)時(shí)候卻總在想著自己造輪子，沒有很好的上網(wǎng)做搜索，從而導(dǎo)致浪費(fèi)了很多的時(shí)間。
果蠅有很多做的大規(guī)模的RNAi或者敲除的文章，發(fā)表的期刊水平也是非常的高，如果把這種理解為是一種站在模式生物的角度和高度做的文章，那么，怎么能夠多的利用這些資源，對于做非模式生物的研究來說，尤其是其他的昆蟲相關(guān)的研究，真的是一個(gè)很好的資源。哪怕只是在讀文獻(xiàn)的時(shí)候，能把這里的A基因和我們做的B基因快速的連接起來，這也對我來說省了很多力氣了。至少不用去做blast再去確定這個(gè)基因到底是不是我想的那個(gè)。
