SnapGene是我在學(xué)分子克隆實(shí)驗(yàn)中最常用的軟件，不能想象沒(méi)有SnapGene的生活。SnapGene經(jīng)過(guò)不斷更新?lián)Q代，可以說(shuō)已經(jīng)自成一體，它不僅僅是一個(gè)可以打開(kāi)DNA序列、查看序列特征的軟件，它在每個(gè)用戶手上儼然已成為一個(gè)個(gè)獨(dú)立、特殊的DNA序列庫(kù)、分子克隆設(shè)計(jì)工具和實(shí)驗(yàn)結(jié)果預(yù)測(cè)和記錄本。既然已經(jīng)是人人都知SnapGene，但我還是要單獨(dú)開(kāi)篇學(xué)一學(xué)SnapGene。原因是它太優(yōu)秀使得它不但是分子克隆的利器，同樣由于它優(yōu)秀的可視化手段，使得它還是一個(gè)非常好的學(xué)習(xí)分子克隆的展示機(jī)。
1. 軟件獲取
這是一個(gè)收費(fèi)軟件，按年付費(fèi)或者一次性獲取終身權(quán)限?？梢栽诠倬W(wǎng)獲取30天試用期。
軟件支持的input格式：GeneBank，SnapGene格式文件，或者自行復(fù)制DNA序列，使用新建的方式創(chuàng)建。
軟件安裝成功之后，我們從序列查找從頭開(kāi)始認(rèn)識(shí)SnapGene。
2. 軟件初使用
2.1 下載一個(gè)喜歡的質(zhì)粒map
打開(kāi)Addgene，搜索一個(gè)感情戲的質(zhì)粒，例如pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458)，這個(gè)從名字上看，這個(gè)質(zhì)粒帶有pSpCas9（野生型Cas9），同時(shí)包含有一個(gè)斷裂肽2A，在2A后面還有一個(gè)綠色熒光標(biāo)簽GFP，質(zhì)粒的骨架為PX458，因此推測(cè)這是一個(gè)可以表達(dá)Cas9蛋白，且轉(zhuǎn)入后細(xì)胞會(huì)發(fā)綠色熒光的質(zhì)粒。在Addgene上
2.2 SnapGene打開(kāi)（windows系統(tǒng)）
雙擊那個(gè)EP管的突變，打開(kāi)后是如下界面，沒(méi)有任何分子克隆基礎(chǔ)的小伙伴可能會(huì)一臉懵逼，因?yàn)樘嗄吧剡^(guò)多。如下圖所示，界面的左側(cè)和下方區(qū)域，其實(shí)就是一些非常常用的功能模塊被單獨(dú)拿出來(lái)做了便捷工具欄，而右側(cè)的這個(gè)description panel其實(shí)也只是簡(jiǎn)單的DNA序列信息描述。因此大體來(lái)說(shuō)，主要看好上方的折疊工具欄就好了。
2.3 SnapGene軟件界面
界面上方區(qū)域
和所有軟件一樣，是一行工具欄，有我們常見(jiàn)的文件（file），編輯（edit），查看（view）等。File和Edit很容易理解，與常規(guī)軟件無(wú)異。從View開(kāi)始，就發(fā)現(xiàn)有所不同，我們將后續(xù)幾個(gè)按鈕的折疊菜單都拉出來(lái)一看究竟
（1）View：可看到內(nèi)容包括Map、sequence、Enzyme、features、primes和history幾個(gè)主要功能選項(xiàng)，而這幾個(gè)選項(xiàng)其實(shí)在下方還單獨(dú)列出作為快捷項(xiàng)，可見(jiàn)這幾個(gè)功能是頂頂常用的功能模塊。其中history這個(gè)功能簡(jiǎn)直就是一個(gè)實(shí)驗(yàn)記錄本，之前都被我忽略了，現(xiàn)在一定要大大的用起來(lái)。比如一個(gè)質(zhì)粒的構(gòu)建可能需要經(jīng)過(guò)多步完成，而且每一步或是PCR或是酶切，個(gè)中細(xì)節(jié)很容易忘記，而history則記住每一個(gè)質(zhì)粒的前世今生，每一個(gè)步驟以及該步驟用到的primer和內(nèi)切酶全部記錄在內(nèi)，非常適合用于回顧和整理。
（2）Map可以切換到質(zhì)粒或序列的這個(gè)圖譜，如上圖的圈圈樣圖形。
（3）sequence顧名思義可以提供序列信息，而序列信息的查看又可根據(jù)個(gè)人愛(ài)好自定義查看，例如：?jiǎn)慰?‘~3‘或者兩條鏈都看；查看序列時(shí)還可同時(shí)查看酶切位點(diǎn)、氨基酸編碼、閱讀框等等詳細(xì)信息，因此Sequence不僅僅是序列，還包含有大量的序列相關(guān)的注釋。
（4）Enzyme是關(guān)于限制內(nèi)切酶的信息，可以選擇隱藏或展示所有酶切位點(diǎn)，或者僅展示單酶切或雙酶切位點(diǎn)。一般我會(huì)選擇在質(zhì)粒的map上查看單酶切和雙酶切位點(diǎn)，有一種指點(diǎn)江山的感覺(jué)。來(lái)人啊，用SpeI和BsrGI雙酶切把這個(gè)片段給我neng下來(lái)！
（5）Features這個(gè)功能平時(shí)我用得比較少，主要用于增加、修改圖譜注釋。而features正是蘊(yùn)含著大量的分子克隆基礎(chǔ)知識(shí)，隨便打開(kāi)一個(gè)feature定義框，就快要不知所云了。所幸我們只是查看已有的map，而不是自行構(gòu)造一個(gè)map。
（7）Tools：簡(jiǎn)單而言就是一些常用的小工具，比如氨基酸密碼表啦、DNA分子量計(jì)算器、瓊脂糖凝膠電泳模擬Simulate Agarose Gel及序列比對(duì)等等。在這個(gè)折疊菜單里我最喜歡用的是Simulate Agarose Gel，省去好多計(jì)算的麻煩（如下圖）。而序列比對(duì)是確認(rèn)基因編輯效果的利器，其重要程度使得SnapGene軟件在整個(gè)界面的左側(cè)給出了一個(gè)專用的按鈕模塊。
下圖所示是使用SaclI和KpnI兩個(gè)酶雙酶切質(zhì)粒的瓊脂糖凝膠電泳模擬圖，同時(shí)該模擬圖還可以加多個(gè)質(zhì)粒同時(shí)對(duì)比，此外雙擊map上的酶切位點(diǎn)可以查看該核酸內(nèi)切酶需要什么buffer（圖中未顯示）
以上只是簡(jiǎn)單拆講一下軟件界面，界面只是一個(gè)架構(gòu)，而通過(guò)軟件學(xué)習(xí)每個(gè)功能模塊下面所包含的分子克隆基礎(chǔ)知識(shí)，才是我們的最終目的，而我不生產(chǎn)知識(shí)，我只是知識(shí)的搬運(yùn)工。
