SnapGene是我在學分子克隆實驗中最常用的軟件，不能想象沒有SnapGene的生活。SnapGene經(jīng)過不斷更新?lián)Q代，可以說已經(jīng)自成一體，它不僅僅是一個可以打開DNA序列、查看序列特征的軟件，它在每個用戶手上儼然已成為一個個獨立、特殊的DNA序列庫、分子克隆設(shè)計工具和實驗結(jié)果預測和記錄本。既然已經(jīng)是人人都知SnapGene，但我還是要單獨開篇學一學SnapGene。原因是它太優(yōu)秀使得它不但是分子克隆的利器，同樣由于它優(yōu)秀的可視化手段，使得它還是一個非常好的學習分子克隆的展示機。
1. 軟件獲取
這是一個收費軟件，按年付費或者一次性獲取終身權(quán)限?？梢栽诠倬W(wǎng)獲取30天試用期。
軟件支持的input格式：GeneBank，SnapGene格式文件，或者自行復制DNA序列，使用新建的方式創(chuàng)建。
軟件安裝成功之后，我們從序列查找從頭開始認識SnapGene。
2. 軟件初使用
2.1 下載一個喜歡的質(zhì)粒map
打開Addgene，搜索一個感情戲的質(zhì)粒，例如pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458)，這個從名字上看，這個質(zhì)粒帶有pSpCas9（野生型Cas9），同時包含有一個斷裂肽2A，在2A后面還有一個綠色熒光標簽GFP，質(zhì)粒的骨架為PX458，因此推測這是一個可以表達Cas9蛋白，且轉(zhuǎn)入后細胞會發(fā)綠色熒光的質(zhì)粒。在Addgene上
2.2 SnapGene打開（windows系統(tǒng)）
雙擊那個EP管的突變，打開后是如下界面，沒有任何分子克隆基礎(chǔ)的小伙伴可能會一臉懵逼，因為太多陌生元素過多。如下圖所示，界面的左側(cè)和下方區(qū)域，其實就是一些非常常用的功能模塊被單獨拿出來做了便捷工具欄，而右側(cè)的這個description panel其實也只是簡單的DNA序列信息描述。因此大體來說，主要看好上方的折疊工具欄就好了。
2.3 SnapGene軟件界面
界面上方區(qū)域
和所有軟件一樣，是一行工具欄，有我們常見的文件（file），編輯（edit），查看（view）等。File和Edit很容易理解，與常規(guī)軟件無異。從View開始，就發(fā)現(xiàn)有所不同，我們將后續(xù)幾個按鈕的折疊菜單都拉出來一看究竟
（1）View：可看到內(nèi)容包括Map、sequence、Enzyme、features、primes和history幾個主要功能選項，而這幾個選項其實在下方還單獨列出作為快捷項，可見這幾個功能是頂頂常用的功能模塊。其中history這個功能簡直就是一個實驗記錄本，之前都被我忽略了，現(xiàn)在一定要大大的用起來。比如一個質(zhì)粒的構(gòu)建可能需要經(jīng)過多步完成，而且每一步或是PCR或是酶切，個中細節(jié)很容易忘記，而history則記住每一個質(zhì)粒的前世今生，每一個步驟以及該步驟用到的primer和內(nèi)切酶全部記錄在內(nèi)，非常適合用于回顧和整理。
（2）Map可以切換到質(zhì)?；蛐蛄械倪@個圖譜，如上圖的圈圈樣圖形。
（3）sequence顧名思義可以提供序列信息，而序列信息的查看又可根據(jù)個人愛好自定義查看，例如：單看5‘~3‘或者兩條鏈都看；查看序列時還可同時查看酶切位點、氨基酸編碼、閱讀框等等詳細信息，因此Sequence不僅僅是序列，還包含有大量的序列相關(guān)的注釋。
（4）Enzyme是關(guān)于限制內(nèi)切酶的信息，可以選擇隱藏或展示所有酶切位點，或者僅展示單酶切或雙酶切位點。一般我會選擇在質(zhì)粒的map上查看單酶切和雙酶切位點，有一種指點江山的感覺。來人啊，用SpeI和BsrGI雙酶切把這個片段給我neng下來！
（5）Features這個功能平時我用得比較少，主要用于增加、修改圖譜注釋。而features正是蘊含著大量的分子克隆基礎(chǔ)知識，隨便打開一個feature定義框，就快要不知所云了。所幸我們只是查看已有的map，而不是自行構(gòu)造一個map。
（7）Tools：簡單而言就是一些常用的小工具，比如氨基酸密碼表啦、DNA分子量計算器、瓊脂糖凝膠電泳模擬Simulate Agarose Gel及序列比對等等。在這個折疊菜單里我最喜歡用的是Simulate Agarose Gel，省去好多計算的麻煩（如下圖）。而序列比對是確認基因編輯效果的利器，其重要程度使得SnapGene軟件在整個界面的左側(cè)給出了一個專用的按鈕模塊。
下圖所示是使用SaclI和KpnI兩個酶雙酶切質(zhì)粒的瓊脂糖凝膠電泳模擬圖，同時該模擬圖還可以加多個質(zhì)粒同時對比，此外雙擊map上的酶切位點可以查看該核酸內(nèi)切酶需要什么buffer（圖中未顯示）
以上只是簡單拆講一下軟件界面，界面只是一個架構(gòu)，而通過軟件學習每個功能模塊下面所包含的分子克隆基礎(chǔ)知識，才是我們的最終目的，而我不生產(chǎn)知識，我只是知識的搬運工。
