MetaboAnalystR: 這是一款用于代謝組學(xué)數(shù)據(jù)分析的 R 包，它包含了數(shù)據(jù)處理、數(shù)據(jù)分析和結(jié)果解釋的一系列功能，這些功能都基于 MetaboAnalyst 網(wǎng)頁平臺。

xcms: 這是一個用于處理液相色譜-質(zhì)譜（LC/MS）和氣相色譜-質(zhì)譜（GC/MS）數(shù)據(jù)的包，主要用于代謝物的檢測和定量。

ropls: 包括主成分分析（PCA）、偏最小二乘判別分析（PLS-DA）和正交偏最小二乘判別分析（OPLS-DA）等多種多元統(tǒng)計方法，常用于代謝組學(xué)數(shù)據(jù)的特征選擇和分類。

mzR: 提供了一種快速和容易的方式來讀取質(zhì)譜數(shù)據(jù)文件，如 mzXML, mzML, mzData 等。

MetaboQC: 用于質(zhì)控和預(yù)處理液相色譜質(zhì)譜代謝組學(xué)數(shù)據(jù)。

pcaMethods: 提供了多種主成分分析方法，并支持缺失值。

pathview: 這個包提供了通路基因表達(dá)的圖形化，并且可以在 KEGG 圖表上映射代謝物的豐度。

KEGGREST: 提供了從 KEGG 數(shù)據(jù)庫獲取數(shù)據(jù)的函數(shù)，可以用于獲取代謝通路和基因信息，以及其他的生物信息。