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如果你也打算在 hg19的 GTF 文件里添加 tRNA和 rRNA 的數(shù)據(jù)。
首先，tRNA 數(shù)據(jù)可以在GENCODE的 GRCh38.p10版本中下載Predicted tRNA genes。
其次，rRNA 的5s 5.8s 28s 18s 來(lái)自https://en.wikipedia.org/wiki/Ribosomal_RNA的前四個(gè)Reference。
使用 cat 命令可以合并兩個(gè) GTF 文件
cat A B > C
不過(guò) GTF 往往必須經(jīng)過(guò)排序才可以使用。比對(duì)hg19的 GTF發(fā)現(xiàn)其 GTF 格式先按照染色體排序，然后相同的染色體又對(duì) Start position，也就是第四列進(jìn)行排序。
通過(guò)使用sort配合awk可以簡(jiǎn)單的實(shí)現(xiàn)對(duì) GTF 文件的排序。下面是我的代碼
cat A.gtf | awk -F '\t' -v OFS=',' '{$1=$1;print}' | sort -t, -k1,1 -k4,5n | awk -F ',' -v OFS='\t' '{$1=$1;print}' > A.sorted.gtf &
注意：請(qǐng)確保你的 GTF 文件是 tab 鍵分隔，否則請(qǐng)改變 awk 的分隔符參數(shù)-F
轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出處，違者必究。
