轉(zhuǎn)載：GPL平臺注釋，如何從gene_assinment中挖出gene symbol

GPL平臺注釋，如何從gene_assinment中挖出gene symbol

原文出處

https://www.bioinfo.info/?/question/6112

在做芯片分析時，得到了差異基因的list，但是讀入GPL6244的注釋文件發(fā)現(xiàn)gene symbol不是單獨的一列，而是隱藏在gene_assignment這一列中間。怎么才能注釋得到gene symbol結(jié)果？

回復1：這個你可以把 gene_assignment這一列取出來，然后使用 // 分割， 取分割以后的第1列即可。R里面limma包有個函數(shù)好像叫? strsplit2() ，你可以試試。

回復2：

library(tidyverse)

symbol<-str_split_fixed(annotation_file$gene_assignment,pattern = "http://",3)[,2]

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