2020年第一篇，好久沒(méi)在簡(jiǎn)書(shū)更新文章了。

sys_r710.png

1. 機(jī)器配置

1. Dell PowerEdge R710
2. Dell PowerEdge R730xd

2. 需求

需要搭建 Slurm 集群，至于選擇CentOS8 的原因是穩(wěn)定，強(qiáng)大，主要是新的 Ubuntu 20.04 安裝進(jìn)不去系統(tǒng)。Ubuntu 18.04 以及 CentOS 7 不考慮，希望用最新的 Linux 發(fā)行版。

3. 步驟

在R710機(jī)器上安裝 CentOS8 的時(shí)候，在安裝界面找不到硬盤，谷歌搜索發(fā)現(xiàn)同樣的問(wèn)題別人也遇到過(guò)，主要的原因是CentOS8中刪除了一些對(duì)舊設(shè)備的驅(qū)動(dòng)支持。
**
解決方法：

3.1 升級(jí)服務(wù)器固件(可選)

1. 下載相應(yīng)版本（Linux、Windows） Dell 固件管理軟件，并安裝到一臺(tái)有網(wǎng)絡(luò)連接的電腦上；
   Dell EMC Repository Manager 下載鏈接：https://dl.dell.com/FOLDER06019787M/1/DRMInstaller_3.3.0.627.exe
2. 下載R710服務(wù)器的最新固件

https://www.dell.com/support/home/cn/zh/cnbsd1/product-support/product/poweredge-r710/drivers

image.png

3. 參考 DELL 官方文檔進(jìn)行升級(jí)

3.2 制作驅(qū)動(dòng)U盤

1. 下載缺失的陣列驅(qū)動(dòng)

https://elrepo.org/linux/dud/el8/x86_64/dd-megaraid_sas-07.707.51.00-1.el8_1.elrepo.iso

2. 下載CentOS8.1 最新 iso 文件，選擇阿里云下載路線，要快一點(diǎn)。

http://mirrors.aliyun.com/centos/8.1.1911/isos/x86_64/CentOS-8.1.1911-x86_64-dvd1.iso

3. 制作驅(qū)動(dòng)升級(jí)盤

Windows 下建議使用軟碟通進(jìn)行硬盤進(jìn)行刻錄，Linux下可以使用 dd 命令。
同時(shí)需要將驅(qū)動(dòng)U盤的卷標(biāo)設(shè)置為：OEMDRV，否則不能自動(dòng)識(shí)別。

3. 制作系統(tǒng)啟動(dòng)U盤

使用 Rufus 或 ImageWriter 都可以。
deepin-boot-maker.zip
FedoraMediaWriter-win64-4.1.5.zip
ImageWriter.zip
rufus-3.10.zip

4. 安裝配置系統(tǒng)

4.1 安裝系統(tǒng)

安裝過(guò)程和一般CentOS的安裝過(guò)程一致，將驅(qū)動(dòng)盤和系統(tǒng)U盤都插入機(jī)器，按照正常的安裝步驟安裝即可。
分區(qū)選擇自動(dòng)分區(qū)方案即可，覺(jué)得不合適可以進(jìn)行修改。UEFI系統(tǒng)必須保留EFI分區(qū)。

4.2 系統(tǒng)配置

設(shè)置國(guó)內(nèi)軟件源：

## 備份你的原鏡像文件，以免出錯(cuò)后可以恢復(fù)。
mv /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo.backup
## 下載新的CentOS-Base.repo 到/etc/yum.repos.d/
wget -c -O /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo http://mirrors.aliyun.com/repo/Centos-8.repo
## 運(yùn)行yum makecache生成緩存
yum makecache

清華源設(shè)置方式：https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/centos/

4.3 安裝必備軟件

dnf group install "Development Tools"
yum install git tree htop dos2unix

4.4 安裝Conda環(huán)境

## 下載 MIniconda3
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
## 安裝
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
## 更換清華源
## https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

4.5 安裝R環(huán)境

## 安裝依賴
yum install gcc-gfortran.x86_64 
yum install zlib-devel.x86_64 bzip2-devel.x86_64 xz-devel.x86_64
yum install pcre-devel.x86_64 libcurl-devel.x86_64 readline-devel.x86_64
yum install pcre2-devel.i686 pcre2.i686
yum install texi2html.noarch texinfo.x86_64 texlive.x86_64
yum install cairo-devel.x86_64 libicu-devel.x86_64 
yum install libjpeg-turbo-devel.x86_64  libjpeg-turbo-utils.x86_64 
yum install libpng15.x86_64 libtiff-devel.x86_64 libtirpc-devel.x86_64 
yum install libxcrypt-devel ncurses pango  tcl tk

## 安裝缺失sty,這一步主要影響pdf的生成，是一個(gè)warning
wget -c https://mirror.bjtu.edu.cn/CTAN/fonts/inconsolata.zip
unzip inconsolata.zip
cp -Rfp inconsolata/* /usr/share/texmf/
mktexlsr

## 安裝最新的 java
yum install java-11-openjdk-devel

## 檢查配置
./configure --prefix=/home/pub/R-3.6.3 --with-x=no --enable-R-shlib 

## 執(zhí)行編譯
make

問(wèn)題解決：
Q1: make 過(guò)程中遇到如下問(wèn)題：**recompile with -fPIC**

image.png

./configure --prefix=/home/pub/R-3.6.3 --with-x=no --enable-R-shlib CFLAGS="-fPIC" 

**Q2：找不到 jni.h **

image.png

dnf install java-11-openjdk-devel

參考資料

1. https://fatmin.com/2019/11/23/installing-rhel-8-1-on-dell-r710-r610-with-h700-raid-controller/
2. 驅(qū)動(dòng)鏈接：https://elrepo.org/linux/dud/el8/x86_64