微生物(microorganism, microbe)是一些肉眼看不見的微小生物的總稱。包括屬于原核類的細菌、放線菌、支原體、立克次氏體、衣原體和藍細菌(過去稱藍藻或藍綠藻)，屬于真核類的真菌(酵母菌和霉菌)、原生動物和顯微藻類，以及屬于非細胞類的病毒、類病毒和骯病毒等。

種群(population)指同一時間生活在一定自然區(qū)域內(nèi)，同種生物的所有個體

共位群(guild)在代謝關(guān)系上相關(guān)的種群

微生物群落(community):是指在一定區(qū)域里或一定環(huán)境里，各種微生物種群相互松散結(jié)合，或有組織緊湊結(jié)合的種群結(jié)構(gòu)單位。多組共位群相互作用形成的群體。

微生物生態(tài)系統(tǒng)是各種環(huán)境因子如物理、化學(xué)及生物因子對微生物區(qū)系（及自然群體）的作用，以及微生物區(qū)系對外界環(huán)境的反作用

微生物組指的是包括微生物（細菌、古細菌、低等或高等真核生物和病毒）的基因組（基因），以及其周圍環(huán)境在內(nèi)的全部

元基因組(Metagenome) :某個環(huán)境中所有微生物的遺傳物質(zhì)。

代謝組學(xué)Metabolomics：用來確定給定菌株或單個組織代謝物特征的分析方法。給定菌株和單個組織內(nèi)存在的所有代謝物統(tǒng)稱為代謝組（metabolome）。大多數(shù)用來描述代謝組的平臺包括核磁共振（NMR）、質(zhì)譜(MS)與液相色譜(liquid chromatography)聯(lián)合分離系統(tǒng)

Metatranscriptomics 宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)：通過對微生物群落中的表達的RNAs (meta-RNAs)，采用進行高通量測序分析相應(yīng)的meta-cDNA。這種方法可提供微生物組的調(diào)控和表達層面的整體信息

Metaproteomics 宏蛋白質(zhì)組：指的是在特定時間、特定環(huán)境/臨床樣品中的整個蛋白質(zhì)組的大規(guī)模描述

宏基因組（Metagenome）廣義宏基因組是指特定環(huán)境下所有生物遺傳物質(zhì)的總和；狹義宏基因組是指特定環(huán)境樣品中細菌和真菌的基因組總和。

16S rDNA測序:16S rDNA為編碼原核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列，主要用于細菌或古菌的多樣性分析。

18S rDNA測序:18S rDNA為編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列，主要用于真核生物之間的種類差異。

ITS測序:主要用于真菌多樣性分析，ITS1位于真核生物核糖體rDNA序列18S和5.8S之間，ITS2位于真核生物核糖體rDNA序列5.8S和28S之間。