####森林圖繪制 forestplot
#### A practice for forest plot
##set your working directory
workdir <- "D:/R"
setwd(workdir)
datafile <- file.path(workdir,"ForestPlotData.csv")
data <- read.csv(datafile, stringsAsFactors=FALSE)
data[1:5,1:5]
##? 定義亞組
subgps <- c(4,5,8,9,12,13,16,17,20,21,24,25,28,29,32,33)
data$Variable[subgps] <- paste("? ",data$Variable[subgps])
## Combine the count and percent column，以括號相連
np <- ifelse(!is.na(data$Count), paste(data$Count," (",data$Percent,")",sep=""), NA)
## The rest of the columns in the table.
tabletext <- cbind(c("Subgroup","\n",data$Variable),
? ? ? ? ? ? ? ? ? c("No. of Patients (%)","\n",np),
? ? ? ? ? ? ? ? ? c("4-Yr Cum. Event Rate\n PCI","\n",data$PCI.Group),
? ? ? ? ? ? ? ? ? c("4-Yr Cum. Event Rate\n Medical Therapy","\n",data$Medical.Therapy.Group),
? ? ? ? ? ? ? ? ? c("P Value","\n",data$P.Value))
##
library(forestplot)
png(filename = "Forestplot.png",width=960, height=640)
forestplot(labeltext=tabletext, graph.pos=3,
? ? ? ? ? mean=c(NA,NA,data$Point.Estimate),
? ? ? ? ? lower=c(NA,NA,data$Low), upper=c(NA,NA,data$High),
? ? ? ? ? title="Hazard Ratio",
? ? ? ? ? ##定義x軸
? ? ? ? ? xlab="? ? <---PCI Better---? ? ---Medical Therapy Better--->",
? ? ? ? ? ##設(shè)置透明條位置
? ? ? ? ? hrzl_lines=list("3" = gpar(lwd=1, col="#99999922"),
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? "7" = gpar(lwd=60, lineend="butt", columns=c(2:6), col="#99999922"),
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? "15" = gpar(lwd=60, lineend="butt", columns=c(2:6), col="#99999922"),
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? "23" = gpar(lwd=60, lineend="butt", columns=c(2:6), col="#99999922"),
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? "31" = gpar(lwd=60, lineend="butt", columns=c(2:6), col="#99999922")),
? ? ? ? ? txt_gp=fpTxtGp(label=gpar(cex=1.25),
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ticks=gpar(cex=1.1),
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? xlab=gpar(cex = 1.2),
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? title=gpar(cex = 1.2)),
? ? ? ? ? ##線條顏色設(shè)置
? ? ? ? ? col=fpColors(box="#1c61b6", lines="#1c61b6", zero = "gray50"),
? ? ? ? ? zero=1, cex=0.9, lineheight = "auto", boxsize=0.5, colgap=unit(6,"mm"),
? ? ? ? ? lwd.ci=2, ci.vertices=TRUE, ci.vertices.height = 0.4)
dev.off()
#### 參考資料https://www.r-bloggers.com/forest-plot-with-horizontal-bands/
####廣而告之
說一個事，鑒于簡書平臺在信息傳播方面有不足之處，應(yīng)粉絲要求，白介素2的個人微信平臺已經(jīng)開啟，繼續(xù)聊臨床與科研的故事，R語言，數(shù)據(jù)挖掘，文獻(xiàn)閱讀等內(nèi)容。當(dāng)然也不要期望過高，微信平臺目前的定位是作為自己的讀書筆記，如果對大家有幫助最好。如果感興趣， 可以掃碼關(guān)注下。
