分子對接中，要確定大分子的活性位點，如果不知道活性位點可以用blind docking，但此方法在一般情況下可靠性比較低。

那么除blind docking方法，其實還有以下幾種方法可供參考：
1、查閱文獻，根據(jù)文獻報道找到活性位點。
2、如果有受體-配體的三維結(jié)構(gòu)，則可以運用配體擴張法，確定活性位點，就是以配體的位置為中心，再向外擴增一定范圍，一般為6.5到9埃，這個范圍的受體殘基就構(gòu)成了相關(guān)的活性位點。
3、利用分子空洞技術(shù)列如MOE中的site Finder模塊，然后根據(jù)經(jīng)驗規(guī)律，（疏水殘基最多的空洞為活性位點）判斷活性位點。
4、Discovery Studio Visualizer (free)觀察 配體結(jié)合位點，也可事實 from PDB Site records或from receptor cavities確定活性位點。
5、有一個活性位點預(yù)測網(wǎng)上服務(wù)器 Q-Site Finder地址(http://www.modelling.leeds.ac.uk/qsitefinder/)
6、找一個序列結(jié)構(gòu)類似的有配體-受體復(fù)合物的3D結(jié)構(gòu)，與未知活性位點的蛋白進行對比：
1) 在PyMOL中,載入兩個蛋白
2) 用align 將未知活性位點的蛋白與配體-受體蛋白進行比對
3) 標(biāo)記未知活性位點的蛋白殘基
4) 保存比對并標(biāo)記過的未知活性位點蛋白

以上方法摘自BioMS論壇：http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=58。