2020-04-21

今天的內容：

數(shù)據結構

1. 標量和變量

> x<-c(1,2,3)
> x
[1] 1 2 3
> x<-1:10
> x
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
> x<-seq(1,10,by = 0.5)
> x
 [1]  1.0  1.5  2.0  2.5  3.0  3.5  4.0  4.5  5.0  5.5  6.0  6.5  7.0  7.5  8.0  8.5  9.0  9.5 10.0
> x<-rep(1:3,times=2)
> x
[1] 1 2 3 1 2 3

2. 從向量中提取元素
   2.1 根據元素位置

> x[4]
[1] 1
> x[-4]
[1] 1 2 3 2 3
> x[2:4]
[1] 2 3 1
> x[-2:4]     #R的代碼都是帶括號的，括號必須是英文的。
Error in x[-2:4] : only 0's may be mixed with negative subscripts
> x[-(2:4)]
[1] 1 2 3
> x[-(2)&-(4)]    #不理解啥意思，難道不是：排除第2及第4后的元素嗎？
[1] 1 2 3 1 2 3
> x[c(2,4)]
[1] 2 1
> x[c(2:4)]
[1] 2 3 1
> 

?2.2 根據值

> x==10   #x=10的元素
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
> x==1
[1]  TRUE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE
> x<2
[1]  TRUE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE

3. 數(shù)據框
   3.1 讀取本地數(shù)據
   上傳數(shù)據到newbee.Rproj所在目錄：

   
   

> read.table(file ="huahua.txt",sep = "\t",header =T)
  X1 X2
1  A  1
2  B NA
3  C NA
4  D  3
5  E NA

?3.2 設置行名、列名

> X<-read.csv("doudou.txt")
> col(X)
     [,1] [,2]
[1,]    1    2
[2,]    1    2
[3,]    1    2
[4,]    1    2
[5,]    1    2
> colnames(X)
[1] "X1" "X2"
> rownames(X)
[1] "1" "2" "3" "4" "5"
> colnames(X)[1]<-"bioplanet"   #命名第一列
> X
  bioplanet X2
1         A  1
2         B NA
3         C NA
4         D  3
5         E NA
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1) #row.names的意思是修改第一列為行名

X

?3.3 數(shù)據框的導出

> write.table(X,file="yu.txt",sep = ",",quote = F)  #分隔符改為逗號，字符串不加雙引號（默認格式帶由雙引號） 

yu.txt

?3.4 變量的保存與重新加載

> save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存當前所有變量
> save(X,file="test.RData")#保存其中一個變量
> load("test.RData")#再次使用RData時的加載命令

?3.5 提取變量

X[x,y]#第x行第y列
X[x,]#第x行
X[,y]#第y列
X[y] #也是第y列
X[a:b]#第a列到第b列
X[c(a,b)]#第a列和第b列
X$列名#也可以提取列（優(yōu)秀寫法，而且這個命令還優(yōu)秀到不用寫括號的地步，并且支持Tab自動補全哦，不過只能提取一列）

> X
  X2
A  1
B NA
C NA
D  3
E NA
> X[2,2]
NULL
> X[2,1]
[1] NA
> X[1,1]
[1] 1
> X[4,]
[1] 3
> X[,1]
[1]  1 NA NA  3 NA
> X[,0]
data frame with 0 columns and 5 rows
> X[1]
  X2
A  1
B NA
C NA
D  3
E NA
> X$X2   #列名
[1]  1 NA NA  3 NA

?3.6 直接使用數(shù)據框中的變量

a <-data.frame(case=paste("S",1:50),values=runif(50))
 plot(a)

a

plot(a$case,a$values)   #發(fā)現(xiàn)x y軸名改變了

a`

• 1：attach

將數(shù)據框名添加到搜索環(huán)境中：attach（a）,作圖時就只需輸入列名(連$都不用了)。

attach(a)
plot(case,values)

做完后將a刪除出搜索環(huán)境 detach（a）
局限性：兩個以上數(shù)據框的列名有沖突時，同時attach會報錯。

• 2：with

with(a,{
 plot(case,values)
x<<-summary(values)   #求和并賦值給x,<<的意思是作為全局變量，也就是出了大括號仍有效。
})
x #運行完后打印x

?3.7 思考題

save(X,file="test.RData")這句代碼如果報錯X not found，是為什么，應該怎么解決？

可能的原因：X不存在？此時應該檢查X的變量名稱是否正確？或者工作的目錄變化了？其實我不知道原因……