序列比對(duì)（Sequence Alignment）
比較兩個(gè)或兩個(gè)以上序列的相似性
blast（Basic Local Alignment Search Tool）
是一種序列相似性比對(duì)工具，是生物信息分析最常用的一款軟件。用于做兩序列相似性的簡(jiǎn)單比對(duì)，還是引物特異性、序列的來(lái)源等個(gè)性化分析，都會(huì)用到blast比對(duì)。許多看似高大上的基因分析，都可歸類于序列間的比較。
在線blast
Nucleotide BLAST
核酸序列到核酸庫(kù)中的一種查詢，庫(kù)中存在的每條已知序列都將同所查序列作一對(duì)一的核酸序列比對(duì)。
Protein BLAST
蛋白序列到蛋白庫(kù)中的一種查詢，庫(kù)中存在的每條已知序列將逐一地同每條所查序列作一對(duì)一的序列比對(duì)。
BLASTX
核酸序列到蛋白庫(kù)中的一種查詢，先將核酸序列翻譯成蛋白序列，再對(duì)翻譯成的每一條序列作一對(duì)一的蛋白序列比對(duì)。
TBLASTN
蛋白序列到核酸庫(kù)的一種查詢，與BLASTX相反，它是將庫(kù)中的核酸序列翻譯成蛋白質(zhì)序列，再對(duì)所查序列作蛋白與蛋白的比對(duì)。
點(diǎn)擊“Nucleotide BLAST”后就到了blastn的初始界面，輸入序列
點(diǎn)擊“BLAST”即可進(jìn)行比對(duì)
Expect(E值)和Identities（一致性）
是評(píng)價(jià)blast結(jié)果的標(biāo)準(zhǔn)。E值接近零或者為零時(shí)，說(shuō)明比上的序列很接近；一致性：匹配上的堿基數(shù)占總序列長(zhǎng)的百分?jǐn)?shù)
如果沒(méi)有比對(duì)上，可以選擇 Somewhat similar sequences (blastn) 進(jìn)行再次比對(duì)
比較序列A和序列B之間的相似性
可以在blastn的初始界面點(diǎn)擊“Align two or more sequences ”，就可以分別放入序列進(jìn)行比對(duì)了。
