Installing R and RStudio - Easy R Programming

可以從CRAN網(wǎng)頁（http://cran.r-project.org/）下載R并將其安裝在Windows，MAC OSX和Linux平臺上。
安裝R軟件后，還安裝可從以下網(wǎng)址獲得的RStudio軟件：http://www.rstudio.com/products/RStudio/。

1 windows安裝 R 及RStudio

1.1 安裝R

從CRAN（ https://cran.r-project.org/bin/windows/base/）下載最新版本的R，雙擊您剛剛下載的文件以安裝R，不需要更改默認安裝參數(shù)

image.png

• 選擇國內(nèi)鏡像進行下載

  
  
  image.png

1.2 安裝Windows Rtools

Rtools包含用于在Windows上構(gòu)建自己的軟件包或構(gòu)建R本身的工具。
在以下位置下載與您的R版本相對應的Rtools版本：https：//cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/。 將最新版本的Rtools與最新版本的R一起使用。
雙擊您剛剛下載的文件以安裝Rtools（無需更改默認安裝參數(shù)）

1.3 在Windows上安裝RStudio

Rstudio主頁：https://rstudio.com/
在以下位置下載RStudio：https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
下載Windows版RStudio

image.png

1.4 Rstudio使用

R及Rstudio安裝完成后，可在windows開始界面找到Rstudio

image.png

我們使用R語言無需打開R，而是通過RStudio打開R。

1.5 R鏡像替換

• 以下內(nèi)容來自生信菜鳥團http://www.bio-info-trainee.com/3727.html

rm(list = ls()) 
options()$repos 
options()$BioC_mirror
#options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos 
options()$BioC_mirror

# https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
 install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("KEGG.db",ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GSEABase","GSVA","clusterProfiler" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GEOquery","limma","impute" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","hgu133plus2.db" ),ask = F,update = F)

# 下面代碼被我注釋了，意思是這些代碼不需要運行，因為它過時了，很多舊教程就忽略
# 在代碼前面加上 # 這個符號，代碼代碼被注釋，意思是不會被運行
# source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
# library('BiocInstaller') 
# options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 
# BiocInstaller::biocLite("GEOquery")
# BiocInstaller::biocLite(c("limma"))
# BiocInstaller::biocLite(c("impute"))

# 但是接下來的代碼又需要運行啦
options()$repos
install.packages('WGCNA')
install.packages(c("FactoMineR", "factoextra"))
install.packages(c("ggplot2", "pheatmap","ggpubr"))
library("FactoMineR")
library("factoextra")

library(GSEABase)
library(GSVA)
library(clusterProfiler)
library(ggplot2)
library(ggpubr)
library(hgu133plus2.db)
library(limma)
library(org.Hs.eg.db)
library(pheatmap)

• 報錯解決文檔詳見：https://docs.qq.com/doc/DT2VMdmN2Y0F5SHlr
  
  image.png

2 為Mac OSX安裝R和RStudio

從以下網(wǎng)址的CRAN下載適用于MAC OSX的R的最新版本：https://cran.r-project.org/bin/macosx/
雙擊您剛剛下載的文件以安裝R，無需更改默認安裝參數(shù)）
在以下網(wǎng)址下載并安裝最新版本的RStudio for MAC：https：//www.rstudio.com/products/rstudio/download/

3 在Linux上安裝R和RStudio

可以使用以下Bash腳本將R安裝在Ubuntu上：

sudo apt-get r-base

RStudio for Linux可從https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/獲得。