用python做生物信息數(shù)據(jù)分析(4-文件輸入和輸出)

寫在前面

前面幾個推文,一上來目的性就比較強,直接使用pysam輸入和輸出文件。但是,很多時候,我們需要自己讀取一些文本文件,或者輸出一些文本文件。所以,需要了解一下python文件打開,輸入,輸出 和 關(guān)閉 等操作。

幾種python文件的讀取方式

這類信息,其實直接在百度可以找到很多,所以百度,隨后調(diào)試即是

打開文件 和 關(guān)閉文件

1.file = open("文件名","打開方式"),注意,最后需要關(guān)閉文件 file.close()

  1. with open("文件名","打開方式",conding="編碼格式") as file:,注意,這類打開方式會自動關(guān)閉?所以不用關(guān)閉文件。

以上打開方式,一般就是

  • r 只讀
  • w 只寫
  • r+ 讀寫
  • a 追加
  • a+ 追加讀寫

文件讀取

四種讀取文件的模式
f.read(size)  #  讀取指定長度的字符
f.readline(size) # 讀取指定行數(shù)的內(nèi)容
f.readlines() # 一次讀取所有行
for line in f: # 逐行讀取

文件寫入

兩種文件輸出的模式
filename = 'write_data.txt'
with open(filename,'w') as f:
    f.write("I am Meringue.\n")
    f.write("I am now studying in NJTECH.\n")
doc = open('out.txt','w')
print(data_dict,file=doc)
doc.close()
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