基于孫小潔教程
學(xué)習(xí)R包
安裝R包
配置鏡像的正確姿勢(shì)
1· file.edit('~/.Rprofile')
2· 在Rprofile中添加下面兩行代碼
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #對(duì)應(yīng)清華源
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #對(duì)應(yīng)中科大源
3· 重啟驗(yàn)證一下，果然成功了！
> options()$repos
CRAN
"https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"
> options()$BioC_mirror
[1] "https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/"
安裝R包的代碼
- 存在于CRAN網(wǎng)站
install.packages(“包”) - 存在于Biocductor
BiocManager::install(“包”)
加載R包的代碼
library(包)或者require(包)
dplyr包學(xué)習(xí)
首先安裝好并加載dplyr包并創(chuàng)建示例數(shù)據(jù)
示例數(shù)據(jù)框創(chuàng)建成功
五個(gè)基礎(chǔ)函數(shù)
1mutate(),新增列
> mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species new
1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa 17.85
2 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa 14.70
3 7.0 3.2 4.7 1.4 versicolor 22.40
4 6.4 3.2 4.5 1.5 versicolor 20.48
5 6.3 3.3 6.0 2.5 virginica 20.79
6 5.8 2.7 5.1 1.9 virginica 15.66
新增了一列“new”：第一列與第二列的乘積
2select(),按列篩選
1·按列號(hào)篩選
> select(test,1)#篩選出第1列
Sepal.Length
1 5.1
2 4.9
51 7.0
52 6.4
101 6.3
102 5.8
> select(test,c(1,5))#篩選出第1列和第5列
Sepal.Length Species
1 5.1 setosa
2 4.9 setosa
51 7.0 versicolor
52 6.4 versicolor
101 6.3 virginica
102 5.8 virginica
2· 按列名篩選
> select(test,Sepal.Length)#篩選出“Spal.Length”
Sepal.Length
1 5.1
2 4.9
51 7.0
52 6.4
101 6.3
102 5.8
> select(test, Petal.Length, Petal.Width)#篩選出“Petal.Length”和“Petal.Width”
Petal.Length Petal.Width
1 1.4 0.2
2 1.4 0.2
51 4.7 1.4
52 4.5 1.5
101 6.0 2.5
102 5.1 1.9
3· 使用one_of()選擇變量篩選
> vars <- c("Petal.Length", "Petal.Width")
> select(test, one_of(vars))
Petal.Length Petal.Width
1 1.4 0.2
2 1.4 0.2
51 4.7 1.4
52 4.5 1.5
101 6.0 2.5
102 5.1 1.9
3filter()篩選行
> filter(test, Species == "setosa")
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa
2 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa
> filter(test, Species == "setosa")#選擇特定行
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa
2 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa
> filter(test, Species == "setosa")#選擇Species為setosa的行
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa
2 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa
> filter(test, Species == "setosa"&Sepal.Length > 5 )#選擇Species為setosa并且Sepal.Length > 5的行
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa
> filter(test, Species %in% c("setosa","versicolor"))#利用%in%取子集，選擇Species為setosa和versicolor的行
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa
2 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa
3 7.0 3.2 4.7 1.4 versicolor
4 6.4 3.2 4.5 1.5 versicolor
4arrange(),按某1列或某幾列對(duì)整個(gè)表格進(jìn)行排序
> arrange(test, Sepal.Length)#默認(rèn)從小到大排序
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
1 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa
2 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa
3 5.8 2.7 5.1 1.9 virginica
4 6.3 3.3 6.0 2.5 virginica
5 6.4 3.2 4.5 1.5 versicolor
6 7.0 3.2 4.7 1.4 versicolor
> arrange(test, desc(Sepal.Length))#用desc從大到小
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
1 7.0 3.2 4.7 1.4 versicolor
2 6.4 3.2 4.5 1.5 versicolor
3 6.3 3.3 6.0 2.5 virginica
4 5.8 2.7 5.1 1.9 virginica
5 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa
6 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa
5summarise(),匯總
> summarise(test, mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))# 計(jì)算Sepal.Length的平均值和標(biāo)準(zhǔn)差
mean(Sepal.Length) sd(Sepal.Length)
1 5.916667 0.8084965
> group_by(test, Species)# 按照Species分組
# A tibble: 6 x 5
# Groups: Species [3]
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
<dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <fct>
1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa
2 4.9 3 1.4 0.2 setosa
3 7 3.2 4.7 1.4 versicolor
4 6.4 3.2 4.5 1.5 versicolor
5 6.3 3.3 6 2.5 virginica
6 5.8 2.7 5.1 1.9 virginica
> summarise(group_by(test, Species),mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))#計(jì)算每組Sepal.Length的平均值和標(biāo)準(zhǔn)差
`summarise()` ungrouping output (override with `.groups` argument)
# A tibble: 3 x 3
Species `mean(Sepal.Length)` `sd(Sepal.Length)`
<fct> <dbl> <dbl>
1 setosa 5 0.141
2 versicolor 6.7 0.424
3 virginica 6.05 0.354
兩個(gè)實(shí)用技能
1管道操作 %>%(cmd/ctr + shift + M)
管道操作
%>%就是把左側(cè)準(zhǔn)備的數(shù)據(jù)或表達(dá)式，傳遞給右側(cè)的函數(shù)調(diào)用或表達(dá)式進(jìn)行運(yùn)行，可以連續(xù)操作就像一個(gè)鏈條一樣。
> test %>% group_by(Species) %>% summarise(mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))
`summarise()` ungrouping output (override with `.groups` argument)
# A tibble: 3 x 3
Species `mean(Sepal.Length)` `sd(Sepal.Length)`
<fct> <dbl> <dbl>
1 setosa 5 0.141
2 versicolor 6.7 0.424
3 virginica 6.05 0.354
2count統(tǒng)計(jì)某列的unique值
unique():返回參數(shù)數(shù)組中所有不同的值，并按照從小到大排序
> count(test,Species)
Species n
1 setosa 2
2 versicolor 2
3 virginica 2
dplyr處理關(guān)系數(shù)據(jù)
創(chuàng)建示例文件
> test1
x z
1 b A
2 e B
3 f C
4 x D
> test2
x y
1 a 1
2 b 2
3 c 3
4 d 4
5 e 5
6 f 6
1內(nèi)連inner_join,取交集
> inner_join(test1, test2, by = "x")
x z y
1 b A 2
2 e B 5
3 f C 6
2左連left_join
> inner_join(test1, test2, by = "x")
x z y
1 b A 2
2 e B 5
3 f C 6
> left_join(test2, test1, by = 'x')
x y z
1 a 1 <NA>
2 b 2 A
3 c 3 <NA>
4 d 4 <NA>
5 e 5 B
6 f 6 C
3全連full_join
> full_join( test1, test2, by = 'x')
x z y
1 b A 2
2 e B 5
3 f C 6
4 x D NA
5 a <NA> 1
6 c <NA> 3
7 d <NA> 4
4半連接semi_join
> semi_join(x = test1, y = test2, by = 'x')#返回能夠與y表匹配的x表所有記錄
x z
1 b A
2 e B
3 f C
5反連接anti_join
> anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x')#返回?zé)o法與y表匹配的x表的所記錄
x y
1 a 1
2 c 3
3 d 4
6簡(jiǎn)單合并bind_rows()和bind_cols()
創(chuàng)建實(shí)例數(shù)據(jù)
> test1
x y
1 1 10
2 2 20
3 3 30
4 4 40
> test2
x y
1 5 50
2 6 60
> test3
z
1 100
2 200
3 300
4 400
合并操作
> bind_rows(test1, test2)#需要兩個(gè)表格列數(shù)相同
x y
1 1 10
2 2 20
3 3 30
4 4 40
5 5 50
6 6 60
> bind_cols(test1, test3)#需要兩個(gè)數(shù)據(jù)框有相同的行數(shù)
x y z
1 1 10 100
2 2 20 200
3 3 30 300
4 4 40 400
