第5天回趟家，surface突然抽風(fēng)，弄了好久終于無限重啟好了。
以下內(nèi)容均引用自微信公眾號(hào)生信星球

思維導(dǎo)圖

寫在前面

• 1.在Console 控制臺(tái)輸入命令，相當(dāng)于Linux的命令行
• 2.向量是由元素組成的，元素可以是數(shù)字或者字符串。
• 3.表格在R語言中叫數(shù)據(jù)框
• 4.數(shù)據(jù)類型：

向量，矩陣，數(shù)組，數(shù)據(jù)框，list

向量

• 1.“元素”的意思，元素指的是數(shù)字或者字符串（用chr表示）

標(biāo)量：一個(gè)元素組成的變量
向量：多個(gè)元素組成的變量

x<-c(1,2,3) #把1，2，3組成的向量定義為X。
x<-(1:10) #從1-10之間所有的整數(shù)
x<-seq(1,10,by = 0.5) #1-10之間每隔0.5取一個(gè)數(shù)（注意這里是逗號(hào)不是分號(hào)）
x<-rep(1:3,times=2) #1-3 重復(fù)2次

• 2.從向量中提取元素
• a.根據(jù)位置

#這里的x是你剛才賦值的變量名，根據(jù)自己的情況來修改
x[4] #x第4個(gè)元素
x[-4]#排除法，除了第4個(gè)元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4個(gè)元素
x[-(2:4)]#除了……
x[c(1,5)] #第1個(gè)和第5個(gè)元素

• b.根據(jù)值的大小

x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素

數(shù)據(jù)框（重要）

• 1.讀取實(shí)例數(shù)據(jù)框：
  X<-read.csv('doudou.txt')
• 也可用read.table

read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T) #讀取文件，分隔符為Tab，有表頭 

a<-read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T)#把這個(gè)數(shù)據(jù)框賦給一個(gè)變量a 

• 2.設(shè)置列名和行名

X<-read.csv('doudou.txt') 
colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默認(rèn)值的行名就是行號(hào)，1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"damon"#有的公司返回?cái)?shù)據(jù)，左上角第一格為空，R會(huì)自動(dòng)補(bǔ)為x,用這個(gè)命令來修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列為行名

（用read.table命令可以撤銷修改,重載）

• 3.數(shù)據(jù)框?qū)С?/li>

write.table(X,file = "damon.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改為逗號(hào)，字符串不加雙引號(hào)（默認(rèn)格式帶由雙引號(hào)） 

damon.txt

• 4.保存數(shù)據(jù)

save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存當(dāng)前所有變量
save(frame1,file="frame1.RData")#保存其中一個(gè)變量
load("frame1.RData")#再次使用RData時(shí)的加載命令

• 5.提取元素

- X[x,y]#第x行第y列
- X[x,]#第x行
- X[,y]#第y列（橫著寫第y列）
- X[y] #第y列（豎著寫第y列）
- X[a:b]#第a列到第b列
- X[c(a,b)]#第a列和第b列
- X$列名#也可以提取列（只能提取一列）

• 6.直接使用數(shù)據(jù)框中的變量
  提取某兩列作散點(diǎn)圖,A,B列:

c <-data.frame(A=paste("S",c(1:50)),B=runif(50))
> plot(c$A,c$B)

• 簡(jiǎn)潔方法，
• 1.attach

將數(shù)據(jù)框名添加到搜索環(huán)境中：attach（c）,作圖時(shí)就只需輸入列名(連$都不用了)。

attach(c)
plot(A,B)

• 2.with

with(c,{
+ plot(A,B)
x<<-summary(B)   #賦值給x,<<的意思是作為全局變量，也就是出了with循環(huán)仍有效。
})
x #運(yùn)行完后輸出x

（跑出來了還不太理解，先把作業(yè)交了，破電腦）