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有很多的工具可以預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)，比如我之前寫過(guò)的三篇文章：
1）蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)模型和功能預(yù)測(cè)：Swiss-model工具的使用：https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/7943409.html
2）蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)模型和功能預(yù)測(cè)：I-TASSER工具的使用：https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/7903245.html
3）預(yù)測(cè)氨基酸替換的致病性及分子機(jī)制：MutPred工具的使用：https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/7880320.html
感興趣的可自行搜索閱讀。
除了以上工具，還有其他經(jīng)典的工具也可以預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)，比如這次介紹的SMART(http://smart.embl-heidelberg.de/)。
下面講一下怎么用SMART預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)。
1 下載新型冠狀病毒2019-nCoV的序列
新型冠狀病毒2019-nCoV的序列在此：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN994468.1?from=begin&to=end&report=fasta
點(diǎn)擊鏈接后，可見(jiàn)如下界面：
按截圖的1, 2, 3, 4的步驟將其保存為蛋白質(zhì)序列文件，命名為test.txt。
打開(kāi)蛋白質(zhì)序列文件，可見(jiàn)文件頭幾行如下所示：
>lcl|MN994468.1_prot_QHQ71972.1_1 [gene=orf1ab] [protein=orf1ab polyprotein] [exception=ribosomal slippage] [protein_id=QHQ71972.1] [location=join(266..13468,13468..21555)] [gbkey=CDS]
MESLVPGFNEKTHVQLSLPVLQVRDVLVRGFGDSVEEVLSEARQHLKDGTCGLVEVEKGVLPQLEQPYVF
IKRSDARTAPHGHVMVELVAELEGIQYGRSGETLGVLVPHVGEIPVAYRKVLLRKNGNKGAGGHSYGADL
2 使用SMART預(yù)測(cè)新型冠狀病毒2019-nCoV的結(jié)構(gòu)
進(jìn)入SMART(http://smart.embl-heidelberg.de/)網(wǎng)站。
打開(kāi)第一步保存的文件test.txt, 將里面的內(nèi)容全部復(fù)制，黏貼到如下截圖中。
然后點(diǎn)擊Sequence SMART。
點(diǎn)擊后會(huì)出現(xiàn)如下界面，表示正在工作中，一會(huì)就能收到該病毒的結(jié)構(gòu)。
3 結(jié)果展示
結(jié)果如下所示：
結(jié)果展示包括病毒的結(jié)構(gòu)（紅色方框所示），比如跨膜區(qū)域、domains區(qū)域，以及序列的什么位置有跨膜區(qū)域和domains區(qū)域等。
4 結(jié)束語(yǔ)
上面只是簡(jiǎn)單介紹了一下SMART預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的功能，實(shí)際上SMART還可以做其他分析。
比如：
1）查詢含有某些特定結(jié)構(gòu)域的所有蛋白質(zhì)；
2）查詢Uniprot ID、 Ensembl ID 對(duì)應(yīng)的結(jié)構(gòu)；
3）進(jìn)行批量搜索
