前面給大家介紹了
可以很方便的得到差異表達基因列表，火山圖，還可以方便的選擇不同的方法（limma，edgeR，DEseq2）對同一套數(shù)據(jù)進行差異表達分析，也可以比較三種方法找出差異表達基因的交集，繪制韋恩圖。
這個方法的好處是，對于沒有太多編程基礎(chǔ)的小伙伴來說，上手容易，操作簡便。當然這個方法也有一定的局限性，
1）差異表達基因表中列出的是基因的Ensembl gene ID，還需要后續(xù)通過其他的工具，例如DAVID（https://david.ncifcrf.gov/），去做一個ID轉(zhuǎn)換，得到基因的名字
2）這里沒有給出每一個基因的轉(zhuǎn)錄本類型，到底是mRNA還是lncRNA，或者是其他的RNA類型。因為后續(xù)如果要繼續(xù)做ceRNA網(wǎng)絡(luò)分析，我們必須要知道每一個基因的RNA類型。
3）差異表達分析表，給出了所有基因的差異表達分析的結(jié)果，不論P值是否顯著，F(xiàn)old change多大，因此還需要再用Excel表根據(jù)Fold change和pval去做一個過濾
已有的工具就像是一把雙刃劍，你在享受他提供的便利的同時，也必接納它的局限性。畢竟工具是別人寫的，它提供什么功能，你才能使用什么功能。除非，你自己去造一個工具，這樣才能隨心所欲。
那么今天我們就來用R來造這樣一個工具，解決上面的幾個局限性
先來捋一捋思路，對于第1）和2）個問題，這里實際上缺的只是一個注釋文件，包含基因的Enseml ID和對應(yīng)的gene symbol信息，以及每一個基因的轉(zhuǎn)錄本類型（mRNA，lcnRNA etc）。我們?nèi)プ鲞@樣一個注釋文件，這兩個問題就迎刃而解了。其實如何獲取這個注釋文件，我們在前面的視頻里面已經(jīng)詳細講解過了
?biomart基因ID轉(zhuǎn)換，獲取轉(zhuǎn)錄本類型
對于第3）個問題，其實在R里面是很容易實現(xiàn)的，只需要去判斷一下Fold change和pval，讓后返回一個邏輯向量，取對應(yīng)的行就可以做篩選了。
接下來我們通過視頻來講解，如何創(chuàng)建四個R函數(shù)
FilterDuplicate：去除重復(fù)樣本的函數(shù)
FilterSampleType：過濾樣本類型的函數(shù)，只保留PrimaryTumor和SolidTissueNormal這兩種樣本類型
DEA：做差異表達分析的函數(shù)，整合三種主流的差異表達分析方法（limma，edgeR，DEseq2）
DEReport：過濾差異表達分析結(jié)果的函數(shù)
來做差異表達分析，當然也會整合三種主流的差異表達分析方法（limma，edgeR，DEseq2）
接下來通過一個TCGA的實例來給大家演示一下，如何使用我們造好的R工具
?R代碼TCGA數(shù)據(jù)差異表達分析（二）—實例展示
關(guān)于這里四個R函數(shù)的詳細講解和完整代碼也可以在?這里找到。
