1，參考腳本：

nohup /home/zxd/software/trinityrnaseq-Trinity-v2.4.0/Trinity --seqType fq --max_memory 4G --CPU 1 --samples_file ../sample.txt --SS_lib_type RF >trinity.log 2>trinity.err &

2，鏈特異性參數(shù)設(shè)不對(duì) 結(jié)果全是錯(cuò)的

一.文庫類型

轉(zhuǎn)錄組文庫構(gòu)建的時(shí)候，可以選擇鏈特異性文庫或非鏈特異性文庫。

鏈特異性文庫，我們清楚的知道得到的 reads 跟轉(zhuǎn)錄本是同向的還是反向的。

鏈特異性文庫構(gòu)建，有多種方法，最常用的就是基于 dUTP 的方法。

文庫類型有兩種表示方法。

第一種表示方法：

第二種表示方法：

二.參數(shù)設(shè)置

在數(shù)據(jù)分析中，最復(fù)雜、最容易出錯(cuò)、出錯(cuò)了影響最為嚴(yán)重的除了用錯(cuò)書記，就是搞錯(cuò)文庫類型參數(shù)了。設(shè)置錯(cuò)了可能導(dǎo)致轉(zhuǎn)錄本很短、表達(dá)量極低、比對(duì)率極低等。在數(shù)據(jù)分析的時(shí)候，一定要問清楚構(gòu)建文庫的實(shí)驗(yàn)人員。

常用軟件的參數(shù)設(shè)置如下。

1. 轉(zhuǎn)錄本拼接軟件

在進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本拼接的時(shí)候，需要考慮鏈特異性的問題。

1.1 Trinity

非鏈特異性 默認(rèn)，不需要設(shè)置

鏈特異性 參數(shù)為：—SS_lib_type ，如果使用dUTP，值為 RF

1.2 cufflinks

非鏈特異性 —library-type fr-unstranded, 默認(rèn)

鏈特異性 如果使用dUTP：—library-type fr-firststrand

2. 將 reads 比對(duì)到基因組的軟件

2.1 tophat

非鏈特異性 —library-type fr-unstranded, 默認(rèn)

鏈特異性 如果使用dUTP：—library-type fr-firststrand

2.2 hisat2

非鏈特異性 默認(rèn)，不需要設(shè)置

鏈特異性 如果使用dUTP: —rna-strandness RF， 添加了該參數(shù)后，每條 reads 將在 sam 文件中出現(xiàn) XS 的tag，‘+’ ‘-’ 代表該 reads 所在的轉(zhuǎn)錄本與基因組序列的關(guān)系。

2.3 STAR

STAR 的比對(duì)中，不需要手動(dòng)設(shè)置文庫類型的參數(shù)。

3.表達(dá)定量

表達(dá)定量軟件根據(jù)比對(duì)的 sam 文件，計(jì)算 read counts，需要提供鏈特異性信息。

3.1 eXpress

非連特異性 默認(rèn)，不需要設(shè)置

鏈特異性 如果使用dUTP：—rf-stranded

3.2 RSEM

RSEM 使用 --strandedness?參數(shù)設(shè)置 。

非鏈特異性 --strandedness none

鏈特異性 如果使用dUTP: --strandedness reverse

參考：本文來自 基因課，生物信息視頻課程