blast

下載了恒河猴的pep(蛋白質(zhì))數(shù)據(jù)庫(https://ftp.ensembl.org/pub/release-108/fasta/macaca_mulatta/pep/),用makeblastdb命令格式數(shù)據(jù)庫,-dbtype選prot,ncol是核酸
makeblastdb.exe -in ..\db\Macaca_mulatta.Mmul_10.pep.all.fa -dbtype prot -out Ma -parse_seqids
在bin下運行的,生成的文件要挪到和.fa一個文件夾下

然后用blastx,因為下載的序列Rh.fa是核酸
..\bin\blastx.exe -task blastx -query Rh.fa -db Ma -out text.txt -outfmt 6


用人的序列比較mixcr和blast的結(jié)果
先下人的nt.xx.tar.gz
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/

再下載Taxonomy 數(shù)據(jù)庫

wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/accession2taxid/nucl_gb.accession2taxid.gz
wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz
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